至是杭州失守，国藩复奏陈补救之策。一、拟令各军坚守衢州，与江西之广信，皖南之徽州为犄角之势，先据形胜，扼贼上窜。左宗棠暂于徽、衢、信三府择要驻扎，相机调度。总须先固江西皖南边防，保全完善之地，再筹进剿。一、请于浙江藩臬两司内，将广西按察使蒋益沣调补一缺，饬带所部五六千人赴浙，随左宗棠筹办防剿，可收指臂之助。一、浙省兵勇，恃宁绍为饷源。今全省糜烂，无可筹画。恳恩饬下广东粤海关、福建闽海关按月协拨银两，交左宗棠以资军饷。奏入，上皆如所请行。
同治元年正月命以两江总督协办大学士。国藩奏言，自去秋以来，迭荷鸿恩，臣弟国荃，又拜浙江按察使之命，一门之内，数月之间异数殊恩，有加无已。感激之余，继以悚惧。恳求皇上念军事之靡定，鉴微臣之苦衷，金陵未克以前，不再加恩于臣家。又前此叠奉谕旨，饬保荐江苏、安徽巡抚，复蒙垂询闽省督抚，饬臣保举大臣，开列请简。封疆将帅，乃朝廷举措之大权，如臣愚陋，岂敢干预。俟后如有所知，堪膺疆寄者，随时恭疏入告，仰副圣主旁求之意。但泛论人才，以备采择则可；指明某缺，径请迁除则不可。盖四方多故，疆臣既有征伐之权，不当更分黜陟之柄。风气一开，流弊甚长，辨之不可不早。寻遣将击走徽州、荻港之贼，复青阳、太平、泾县、石埭。国荃会同水师，复巢县、含山、和州，并铜陵闸、雍家镇、裕溪口、西梁山四隘。弟贞干复繁昌、南陵，破贼三山、鲁港。
上以国藩前奏，情词恳挚，出于至诚，不再加恩而进国荃、贞干等职。国藩驻安庆督师，奏请仍建安徽省会于安庆，设长江水师提督以下各官，指授诸将机宜，以次规取皖南北府县各城。国荃率师进围金陵。苏浙贼酋李秀成等分道来援，大小数十战，力却之。二年五月复江浦、浦口，克九洑洲，长江肃清。因淮南运道畅通，筹复盐务，改由民运。奏陈疏销轻本保价杜私之法。三年正月，官军克钟山，合围金陵。六月，金陵平。
上谕曾国藩自咸丰四年在湖南首倡团练，创立舟师，与塔齐布、罗泽南等屡立战功，保全湖南郡县，克复武汉等城，肃清江西全境。东征以来，由宿松克潜山、太湖，进驻祁门，迭复徽州郡县，遂拔安庆省城，以为根本。分檄水陆将士，规复下游州郡，兹大功告蒇，逆首诛锄，由该大臣筹策无遗，谋勇兼备，知人善任，调度得宜。曾国藩著加恩赏，加太子太保衔，锡封一等侯爵，世袭罔替，并赏戴双眼花翎。浙江巡抚曾国荃，赏加太子少保衔，锡封一等伯爵，并赏戴双眼花翎。将士进秩有差。
时捻匪倡乱日久，僧格林沁战殁于曹州，贼势日炽。四年四月，命国藩赴山东一带督兵剿办捻匪。山东、河南、直隶三省旗绿各营及地方文武员弁，均归节制调遣。国藩将赴徐州督师，乃招集新军，添练马队。檄调刘松山、刘铭传、周盛波、潘鼎新诸军会剿。五月，贼窜回雉河集，国藩驻临淮关，遣兵击走之。先后奏言，此贼已成流寇，飘忽靡常，宜各练有定之兵，乃足以制无定之贼。臣由临淮进兵，将来安徽即以临淮为老营，及江苏之徐州、山东之济宁、河南之周家口，四路各驻大兵为重镇。一省有急，三省往援。其援军之粮药，即取给于受援之地。庶几往来神速，呼吸相通。时捻酋张总愚、任柱、牛落红及发逆赖汶光拥众十数万，倏分倏合。八月，国藩遣铭传败之，颖州贼东走曹州。国藩檄鼎新力扼运河，派军驰赴山东助剿。贼不能渡运，遂南走徐州，据丰、沛、铜山境内。九月，国藩遣李昭庆、鼎新败之。徐州丰县贼复窜山东。十月，盛波、铭传败之。宁陵、抚沟贼窜陷湖北黄陂。五年正月，国藩遣铭传破之，复其城。任逆回窜沈邱，将据蒙亳老巢。遣铭传盛波击之。张逆分股入郓城。三月，铭传、张树珊败之。颖州、周口群贼合据濮、范、郓、钜间，诸军击破之。张逆趋单县，任逆走灵壁。国藩驻徐州修浚运河，以固东路。五月，遣诸将败张逆于洋河、王家林，败任逆于永城、徐州。时贼自二月北窜，坚图渡运，徘徊曹、徐、淮、泗者，两月有余，迄不得逞。于是张逆入豫，任逆入皖。国藩遣盛波大破牛逆于陈州，败任、赖二逆于乌江河。树珊败张逆于周口。牛、张二逆渡沙河而南，任、赖二逆亦窜渡贾鲁河。国藩以前防守运河，粗有成效，必仿照于沙河设防，俾贼骑稍有遮拦，庶军事渐有归宿。定议自周家口下至槐店扼守沙河，上至朱仙镇扼守贾鲁河。因奏言，河身七百余里，地段太长，不敢谓防务既成，百无一失。然臣必始终坚持此议，不以艰难而自画，不以浮言而中更，以求有裨时局。自古办流寇，本无善策，惟有防之，使不得流，犹是得寸则寸之道。俟河防办成，则令河防者与游击者彼防此战，更番互换，庶足以保常新之气。六月，遣松山、张诗日大破贼于上蔡、西华。贼由河南巡抚所派防军汛地逸出，东窜河防无成。七月，遣松山、宋庆大破之南阳、新野。九月，铭传、鼎新破之，郓城运防赖以无恙。国藩自陈病状，七月，上命国藩仍回两江总督本任，以李鸿章代办剿捻事宜。