本朝以来，匡言主德者如孙嘉淦，以自是规高宗，袁铣以寡欲规大行皇帝，皆优旨嘉纳。纠弹大臣者，如李之芳劾魏裔介，彭鹏劾李光地，后四人皆为名臣，至今传为美谈。直言不讳，未有盛于我朝者也。皇上御极之初，特诏求言而褒答倭仁之谕，臣读之至于忭舞感泣，然犹有过虑者。诚见皇上求言甚切，诸臣纷纷入奏，或条陈庶政，颇多雷同；或弹劾大臣，惧长攻讦。臣愚，愿皇上坚持圣意，借奏折为考核人才之具，永不生厌致之心。涉于雷同者，不必交议而已；过于攻讦者，不必发抄而已。此外则但见有益，不见有损。今考九卿贤否，凭召见应对；考科道贤否，凭三年京察；考司道贤否，凭督抚考语。若人人建言，参互质证，岂不更为核实乎？此考察之法也。奏入。谕称其剀切明辨，切中事情，著于百日后举行日讲。国藩条陈日讲事宜：一考定日讲设官之制，二讲官员数，三每日进讲员数，四讲官应用何项人，五定保举讲官之法，六进讲之地，七进讲之仪，八进讲之时，九所讲之书，十陈讲之道，十一复讲之法，十二纂成讲书，十三讲官体制，十四进讲年数。下部议格不行。
六月，署工部左侍郎。元年，署刑部右侍郎，充武闱正考官。二年，署吏部左侍郎，充江西正考官。丁母忧回籍，粤逆起犯湖南，围长沙不克，窜武昌，陷之。连陷沿江郡县，江南大震。十一月二十九日，上特命国藩会同湖南巡抚办理本省团练，搜剿土匪。时塔齐布尚以都司署抚标参将，国藩奏称其奋勇耐劳，深得民心，并云塔齐布将来如打仗不力，臣甘同罪。请旨奖叙，专令督队剿贼。会贼破金陵，逆流西上，皖鄂郡县相继沦陷。
上以国藩所练乡勇得力，剿匪著有成效，谕令驰赴湖北剿贼。国藩以为贼所以恣意往来者，由长江无官军扼御故也。乃驻衡州造战舰，练水军，劝捐助饷。四年正月，督师东下，与贼接战岳州，又战靖港，皆不利。得旨革职，仍准专折奏事。时国藩已遣杨岳斌、彭玉麟与塔齐布合击贼湘潭，大破之，复其城，贼退踞岳州。七月，国藩攻克之，毁其舟。贼浮舟上犯，再破之。遂与塔齐布水陆追击，自城陵矶二百余里，剿洗净尽。赏三品顶戴。九月复武昌、汉阳，尽焚襄河贼舟。赏二品顶戴，署湖北巡抚，赏戴花翎。旋以国藩力辞，赏兵部侍郎衔，办理军务，毋容署理巡抚。
国藩建三路进兵策，奏言江汉肃清，贼之回巢抗拒者，多集兴国、蕲州、广济诸属。自巴河至九江，节节皆有贼船。拟塔齐布由南路进攻兴国、大冶。湖北督臣派兵由北路进攻蕲州、广济，自由江路直下，与陆军相辅为进止。上命如所请行。国藩扬帆而下，连战胜贼。蕲州贼来犯，再破之。会塔齐布复兴国、大冶。时贼以田家镇为巢穴，蕲州为声援，自州至镇四十余里，沿岸筑土城设炮位对江轰击，横铁锁江上，以阻舟师。南岸半壁山、富池口均大股悍贼驻守，舟楫往来如织。国藩计欲破田镇，当先夺南岸。十月，罗泽南大破贼半壁山，克之。国藩部署诸将分战船四队，一队扼贼上犯，二队备炉剪椎斧前断铁锁。贼炮船护救，三队围击之，沉二艘，贼不敢近。须臾，熔液锁断，贼惊顾失色，率舟遁。四队驶而下，追及于邬穴，东南风大作，贼舟不能行，官军围而焚之，百里内外火光烛天，浮尸蔽江。陆军自半壁山呼而下，悉平田家镇、富池口营垒，蕲州贼遁。是役也，毙贼数万，毁其舟五千，遂与塔齐布复广济、黄梅、孔垅口、小池驿，上游江面肃清，进围九江。