十二月，上以国藩调度有方，赏穿黄马褂，赏狐腿黄马褂、白玉搬指、白玉巴图鲁翎管、玉靶、小刀、火镰各一。国藩遣水军攻湖口、梅家洲，以通江西饷道。大小十余战，锐卒两千人陷入鄱湖，为湖口贼所捍，水军分为两。
五年，贼窜武昌，分股乘夜由小池口袭焚国藩战舰，战失利。越数日，大风复坏舟数十。国藩乃以其余，遣李孟群、彭玉麟及胡林翼所带陆师回援武汉，亲赴江西造船募勇，增立新军，连破贼姑塘、都昌，进攻湖口，大败之。七月，塔齐布卒，国藩驰往九江兼统其军。八月，水军复湖口。九月，补兵部右侍郎。九江不下，国藩以师久无功，自请严议。上谕曾国藩督带水师，屡著战功。自到九江后，虽未能迅即克复，而鄱湖贼匪已就肃清，所有自请严议之处，著加恩宽免。
六年，贼酋石达开窜江西，郡县多陷。国藩驰赴省城，遣彭玉麟统内湖水师退驻吴城，以固湖防。李元度回剿抚州，以保广信。诸将分扼要地，先后复进贤、建昌、东乡、丰城、饶州，连破抚州、樟树镇、罗溪、瓦山、吴城之贼。会同湖北援师刘腾鸿、曾国华等，大破贼瑞州，复靖安、安义、上高，自江西达两湖之路，赖以无梗。七年正月，复安福、新淦、武宁、瑞昌、德安、奉新，军声大振。不一岁，石逆败遁江西获安，曾国藩力也。
二月十八日，丁父忧。上谕曾国藩见在江西，军务正当吃紧。古人墨绖从戎，原可夺情，不令回籍。惟念该侍郎素性拘谨，前因母丧未终，授以官职，具折力辞。今丁父忧，若不令其回籍奔丧，非所以遂其孝思。著赏假三个月，回籍治丧。俟假满后，再赴江西督办军务，寻固请终制。
上谕曾国藩本以母忧守制在籍，奉谕帮办团练。当贼氛肆扰鄂皖，即能统带湖南船勇，墨绖从戎。数载以来，战功懋著，忠诚耿耿，朝野皆知。伊父曾麟书因闻水师偶挫，又令伊子曾国华带勇远来援应，尤属一门忠义，朕心实深嘉尚。今该侍郎假期将满，陈请终制，并援上年贾桢奏请终制蒙允之例。览其情词恳切，原属人子不得已之苦心。惟现在江西军务未竣，该侍郎所带楚军，素听指挥，当兹剿贼吃紧，亟应假满回营，力图报效。曾国藩身膺督兵重任，更非贾桢可比。著仍遵前旨，假满后即赴江西督办军务，并署理兵部侍郎，以资统率。俟九江克复，江面肃清，朕必赏假，令其回籍营葬，俾得忠孝两全，毫无余憾。该侍郎殚心事主，即以善承伊父教忠报国之诚，当为天下后世所共谅也。
国藩复奏称，江西各营安谧如常，毋庸亲往抚驭，并沥陈才难宏济，心抱不安。奉旨先开兵部侍郎缺，暂行在籍守制，江西如有缓急，即行前赴军营，以资督率。八年五月，奉命办理浙江军务，移师援闽。闽匪分股窜扰江西，遣李元度破之广丰、玉山。张运兰复安仁时，国藩驻军建昌，东南北三路皆贼。国藩计东路连城，贼势已衰，闽事不足深虑；北路景德镇乃大局所关，又较南路信丰为重，乃遣运兰攻景德镇，萧启江追剿信丰之贼。九年，启江破贼南康，克新城墟池江贼巢，遂复南安，解信丰围。贼窜湖南，将由粤、黔入蜀。国藩随檄启江驰赴吉安，援应湖南运兰复景德镇、浮梁县，江西肃清，余贼窜皖南。国藩奉命防蜀，行至阳逻，奉谕以皖省贼势日张，饬筹议由楚分路剿办。