皇太极十分聪明，在除掉阿敏之前，他对代善和莽古尔泰一直采取拉拢的态度。
因此，莽古尔泰这四年过得还算顺心。天聪元年（1627年），皇太极率军发起了宁锦之战。莽古尔泰率军攻击明军右屯卫，接着又以偏师守卫塔山的粮运。天聪三年（1629年），莽古尔泰跟从皇太极的八旗大军进攻明朝。莽古尔泰整合军队击败明总兵赵率教，生擒其副将臧调元。莽古尔泰大军其后进军通州，逼近明都北京，明朝各地前来的援军都去救援。天聪四年（1630年）二月，莽古尔泰率军攻克关内的永平、遵化二地，退兵时莽古尔泰遇到了被击败的明朝军队并将其击溃。
连连立下战功的莽古尔泰，自认为对皇太极忠诚顺从，他怎么也没想到，自己的麻烦随着阿敏的倒台而即将到来。
天聪五年（1631年），皇太极已经囚禁了阿敏，他将下一个铲除的目标对准了第二弱小的莽古尔泰。
当年，皇太极率领的五万军队进攻明朝辽西大凌河城，莽古尔泰跟从大军围攻大凌河，他率领的正蓝旗围困了大凌河城的南方，莽古尔泰与德格类率领巴牙喇部队作为策应。明朝的总兵吴襄、监军道张春开赴救援，在距城十五里的地方驻扎。莽古尔泰跟从皇太极攻击明军，俘虏张春等人。
虽然再次立下战功，莽古尔泰却一点都高兴不起来，因为他发现，皇太极总是有意无意找他的麻烦，很多次当众让他难堪，下不来台。
此战，属于千里奔袭，是皇太极决策的冒险之举。最初，代善与莽古尔泰并不同意他这么做，但是莽古尔泰随军出征之后，奋勇杀敌，并没有因决策的分歧而推诿扯皮。
在此之前，皇太极便以关心兄长身体为名，取消了四大贝勒按月轮流执政的作法。为了进一步加强汗权，在大凌河之战打响之前，皇太极仿照明制，组建了六部，即吏、礼、户、兵、刑、工等，六部的贝勒全都是年轻人，他们均直接受皇太极领导。代善和莽古尔泰的权力则被进一步虚化和削弱，他们虽然心中郁闷，却不敢生叛逆之心。
大军合围大凌河的时候，莽古尔泰所率的正蓝旗已经提前经过了数场激战，虽然取得了胜利，却死亡众多，伤亡惨重。
但是皇太极不顾莽古尔泰所部伤亡，强行要求莽古尔泰率部与大军会合，合攻大凌河城。
莽古尔泰对皇太极道：“启禀汗王，臣所部正蓝旗，已在大凌河城南与前来增援的明军经过了数十日鏖战，损伤过半，可否允许臣部修整几日，再与大军会合？”
皇太极冷笑着，诘问他道：“你说正蓝旗伤亡惨重？我怎么听说你率领的军队不听从号令并且贻误了军机。你这样只知保存自己的实力，究竟是什么意思呢？”
此时，很多贝勒、大臣都在场，莽古尔泰憋了个大红脸，自己好歹也是三大贝勒之一，并且比皇太极年长，皇太极如此叫他难堪，是可忍孰不可忍。
莽古尔泰气呼呼地说：“没有这样的事！”
皇太极冷笑道：“如果告你们的人是诬告，那么应当治他们的罪；如果情况属实，你所率领的一部该怎么治罪？”
说完，皇太极觉得羞辱他已羞辱够了，冷笑着上马，准备离去。
莽古尔泰气得热血上涌，说：“大汗为什么单单与我过不去？我对你本来已非常的顺从，这还不够吗？你难道非要想除掉我吗？”
说罢，莽古尔泰用手拿起自己的佩刀，怒视皇太极。
他的同母弟弟德格类怕他惹上反叛的罪名，立即上前怒斥莽古尔泰犯了悖逆之罪，并用拳头打他，想要平息事态。
谁知，莽古尔泰更加的愤怒，将自己的佩刀抽出刀鞘。
皇太极愤然离去，回营后，当着侍卫们的面，对空大骂莽古尔泰道：“尔年幼时，汗父曾与我一体养育乎？并未授以产业！尔所衣食，均我所剩，得依我为生！后因尔弑尔生母，邀功于父，汗父遂令附养于其末生子德格类家。尔众岂不知乎？尔何得砍我耶？尔原系肌瘦将死之人也！”。
其后，皇太极召集诸贝勒商议莽古尔泰大不敬之罪，而此时的贝勒只剩下了代善、阿济格、多尔衮、多铎、济尔哈朗、杜度、岳托、硕托、萨哈麟，另外还有皇太极新封的贝勒，他的长子豪格。
代善心灰意冷，早已不问世事，济尔哈朗见亲哥哥阿敏被囚禁，明哲保身，更加顺从皇太极，硕托、萨哈麟等人本就依附于皇太极，于是在大多数人同意的情况下，莽古尔泰被夺去和硕贝勒爵位，降为多罗贝勒，削五牛录，罚银万及甲胄、雕鞍马十、素鞍马二。
这其中只有一个人出来反对，那就是岳托，他不仅同情莽古尔泰，还与莽古尔泰有更深层的关系，他娶了莽古尔泰的妹妹莽古济的女儿，因此莽古尔泰即是他的叔叔又是他的丈舅舅……
但是，皇太极并没有因为与岳托的交情而对莽古尔泰网开一面。
第二年，天聪六年，莽古尔泰跟从大军攻打察哈尔，林丹汗兵败之后率军逃走了。
同年十二月，莽古尔泰突然一夜之间暴毙而亡。
皇太极假惺惺亲自到他的丧礼上去，三鼓钟过后才开始回去；又在中门设置灵堂来祭奠他，大哭之后才肯回宫。
迫于形势，皇太极并不敢一下子将莽古尔泰踩入谷底，但是，这并不表示他不想这么做。
皇太极开始收拾莽古尔泰的同母手足，莽古尔泰的同母弟弟德格类，同母妹妹莽古济都没能幸免。
天聪九年，莽古尔泰的妹妹莽古济的属下冷僧机控告莽古尔泰与德格类、莽古济格格曾经盟誓，将要危及皇太极，并且以莽古济格格的丈夫琐诺木为证人。
随后，皇太极搜到牌印上“大金国皇帝之印”十六枚，最后以大逆之罪追夺莽古尔泰爵位。莽古尔泰余子被废黜宗室资格，子孙由黄带子降为红带子。
同时，正蓝旗被取消，属员被分别编入正、镶两黄旗，“八旗”一时成了“七旗”。但时隔不久，皇太极又将正蓝旗恢复，只不过恢复后的正蓝旗已今非昔比。
虽然皇太极和莽古尔泰闹得不欢而散，但是这并没有影响到皇太极在大凌河之战中取得的巨大胜利。
天聪五年，崇祯四年农历八月六日，皇太极的两路大军会合于大凌河城下，大凌河之战打响了。
到农历九月十九日，大凌河城已被围困了四十八天，城中早已断粮。
城里逃出来了一个商人，被皇太极的军队俘获，他名叫张翼辅，问及城内情形，他说：城里边先是杀战马，吃马肉，马几乎杀尽了，开始吃人，当然是先吃手无寸铁的筑城民夫，也吃那些饿死的士兵。惟有几个大官还有米一二升而已。
所谓“炊骨析骸，古所未闻。”大凌河城成为人间地狱……
而驻守大凌河城的主将是大名鼎鼎的袁崇焕的属下爱将，前一年，袁崇焕刚刚被大明的崇祯皇帝用谋反的罪名，施用了凌迟之刑处死，不明就里的百姓们人人争食其肉，忠心耿耿的袁崇焕就这么尸骨无存。
在袁崇焕的部下纷纷为袁崇焕求情时，祖大寿一言不发，他要保存实力，他要为袁崇焕平反昭雪，崇祯皇帝误认为祖大寿与袁崇焕不一心，放他回到辽东。
皇太极于十月七日和十月九日这两天先后致书祖大寿、何可纲、副将张存仁，劝其速降，但遭到了祖大寿的断然拒绝，他恨崇祯，但是不恨大明，他要为袁崇焕平反，并不代表他会做叛徒。
但是，皇太极认准了他必然会投降，所以依然采取围而不攻的态度，这时大凌河城中的三万余人已饿死了一万多。
皇太极曾亲自写信给祖大寿说：过去杀辽民确有其事，我深为懊悔，我们早就不那样做了。至于永平屠城那是二贝勒阿敏所为，他因此也受到了严惩，希望你不要存此偏见。
祖大寿等还是不吃他这一套，静静地等待最后的结局。
九月二十四日，明朝四万援军终于到了，率领这支部队的是监军道张春。他们与皇太极的金军在城南展开激战，双方杀得惊天动地，但祖大寿在城中却按兵不动，丝毫没有反映。
因为他和他的人马都已经有力进气无力出气了，他知道打开城门就意味着死亡。而他绝对不能死，因为他还有重要的事情没有完成，他要为袁崇焕平反。他绝不会投降，即使就这样在城中饿死，也算要为大明守节。
城中已断粮近两个月，所有该吃的都吃了，不该吃的也都吃了，除了人之外，已经是没有任何东西可以再吃了。
张春失败了，大凌河彻底陷入了绝境。
大凌河城中的军民们又在地狱中挣扎了十天，十月初七，皇太极再次致书祖大寿。
一直到十月二十五日，城中所剩下的人都以奄奄一息，祖大寿到城中查看后，才最终下了决心。当晚，祖大寿派兄弟祖可法、祖泽润等四人一同到了金兵大营，皇太极亲自迎接，四人跪倒便拜。
皇太极急忙上前一步搀扶，以女真人最高贵的礼节抱腰礼相见，然后设盛宴款待，四人被请至座中。
十月二十八日，祖大寿大开城门，率众将来到金营。
皇太极隆重迎接祖大寿一行，后双方登坛发誓祭天，盟誓祭天毕，皇太极携祖大寿手进入大帐，为祖大寿设宴庆贺。至此，大凌河之战彻底结束。
谁知，祖大寿只是诈降，他伺机逃往锦州城继续与后金对抗，皇太极屡次招降他都不从。但是，皇太极就是莫名的喜欢祖大寿，就像喜欢多尔衮和多铎。
皇太极命令军队如果再次见到祖大寿，一定不要杀他，有生之年，他一定要让祖大寿心甘情愿臣服于他。
皇太极对众贝勒大臣说：阿敏屠城，就是因为他不知书达礼，不明白治国的道理。而我们围困大凌河近三个月，明军饿死也不投降，誓死为朝廷尽忠，这正是他们读书收明礼的结果。所以，我们也要读书也要明礼，从今以后，凡子弟八岁以上，十五岁以下者必须读书，并责承文馆官员翻译汉家典籍。
大凌河之战共俘获明军将领七十余人，对这些降将，皇太极一律官复原职，予以重用。
这一做法在大明将领中传开，崇祯六年毛文龙部下汉军孔有德、耿仲明率部来归，他们俩成为以后顺治、康熙两朝的四大藩王，直至被康熙完全消灭……
大凌河之战中，皇太极摧毁了关外最有战斗力的一支军队，即所谓的“关宁铁骑”，袁崇焕辛辛苦苦建立的一切，到这时完全化为乌有。