西北本是兴王之地，在汉、唐之世，都以此为天下根本。***当时关中的武力和文化，都为全国之冠。凉州的风气，尤其强悍。所以经营西域的力量，也非常之强。自宋以后，武力不竞。北方迭受异族的蹂躏，国都非偏在东南，则僻在东北。西北方的实力，遂渐渐落后。而自元以后，回教盛行于西北，汉、回之间，尤其多生问题。
中国人是不甚迷信宗教的，所以争教的事很少。但是信仰回教的人民，因其习俗不同，不易和普通人民同化，而汉、回之间，遂不免留着一个界限。在平时的争执，原不过民间的薄物细故。但是回人团结，而汉人散漫。所以论风气，是回强而汉弱。在官吏，就不免袒汉而抑回。到回民激而生变，则又不免敷衍了事。酿成了“汉、回相猜，民怨其上”的局面。咸同大乱之时，又生所谓回乱。
回乱是起于西南，而蔓延于西北的。一八五五年因临安汉回的冲突，渐至蔓延。永昌的回民杜文秀，就起兵占据大理。回酋马德新，则居省城，挟巡抚徐之铭为傀儡。之铭亦挟回以自重。清朝所派的督抚，不能到任的很多。后来布政使岑毓英，结回将马如龙为援。先定省城。次平迤东，诛叛酋马连升。清朝即用为巡抚，直到一八七二年，才把大理克复，云南全省打定。总计其始末，也有十八年了。但还是限于一隅的。至西北则事变更形扩大。
西北的回乱，是起于一八六二年的。先是陕西募回勇设防。及是年，太平天国的陈德才，合捻党以入武关。回勇溃散。有和汉人冲突的。彼此聚众相仇。而云南叛回任五，此时匿居渭南，遂诱之为乱。清朝派胜保剿办，无功。赐自尽，改派多隆阿。回众被驱入甘肃。于是固原、平凉和宁夏一带，回乱大炽。回酋马化龙，居金积堡，白彦虎居董志原，为其领，陕西北部的游勇、土匪，亦都由叛回接济，到处糜烂。叛回又派遣徒党，四出招诱。于是回酋妥得璘，以一八六四年，据乌鲁木齐。旋陷吐鲁番。据南路八城。至一八六六年，遂陷伊犂和塔尔巴哈台。其时汉人亦有起兵自卫的，以徐学功为最强。而敖罕又把兵借给张格尔的儿子布苏格，令其入据喀什噶尔。一八六七年，布苏格为敖罕之将阿古柏怕夏所废。自称喀什噶尔汗。和徐学功连和。合攻乌鲁木齐，妥得璘走死。地皆入于阿古柏。于是阿古柏想联合回教徒，在中、英、俄三国之间，建立一国。因徐学功的内附，介之以求封册，而通使于英、俄和土耳其。先是伊犂危急时，将军明绪、荣全，都想借助于俄。俄人卒未之应。及阿古柏陷北路后，俄人因与回众冲突，于一八七一年，占据伊犂。然仍与阿古柏订立《商约》。英人则更想扶助之以拒俄。英国的公使，亦替他向中国代求封册。
时中国以左宗棠督办陕甘军务。因追剿捻匪，无暇顾及回乱，所以陕、甘两省，更形糜烂。到一八六八年，捻匪平了。宗棠乃回到西安。先出兵肃清陕西。进取甘肃。甘回分扰陕西，宗棠又回兵定之。至一八七二年，而甘肃自黄河以东皆定。马化龙被杀，宗棠又进兵河西。一八七三年，河西亦定。白彦虎走归阿古柏。
其时英人仍为阿古柏祈请，而中国亦有因军费浩大，主张以南路封之的，左宗棠力持不可。一八七五年，乃以宗棠督办新疆军务。宗棠任刘锦棠，先进兵北路，一八七六年，复乌鲁木齐。明年，遂克辟展，进取吐鲁番。其时敖罕已为俄国所灭，而南路缠回，亦和阿古柏不洽。阿古柏穷蹙，乃饮药自杀。其子伯克胡里，仍据喀什噶尔，而白彦虎则据开都河，以拒华军。一八七八年，刘锦棠又进兵定之。两人都逃入俄国。于是天山南北路皆平。而伊犂仍为俄人所据，而中、俄的交涉遂起。
从一七五九年，天山南北路平定以来，中国西北数千里，都和俄国接界，而地界则自一七二八年以后，迄未重定。所以中俄边界，西方仍只规定至沙宾达巴哈为止。一八六〇年的《北京条约》，订明“西疆未定之界，应顺山岭大河，中国常驻卡伦，自沙宾达巴哈往西至斋桑淖尔，自此西南，顺天山之特穆图淖尔，南至浩罕边界为界”，此约之误，在常驻卡伦四字。其后一八六四年，明谊和俄人定立界约，就把乌里雅苏台以西之地，丧失一大段了。明谊之约既定，科布多、乌里雅苏台、塔尔巴哈台所属，均由中国派员，于一八六九、一八七〇两年间，与俄会立界牌鄂博，而伊犂属境，始终未及勘定。
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