袁世凯死后，北方连形式上的统驭，都失掉了。而南方的新势力，又未能完成。就酿成复辟之役和护法之战。
当民国六年之初，欧洲战事，德、奥方面，渐已陷入困境。德国乃于二月初，宣布无限制潜艇战争。我国提出抗议，无效，即提议对德绝交。参众两院，先后通过。于十四日宣布，因进而谋对德宣战。于是国务总理段褀瑞，召集各省、区督军、都统，在京开军事会议。于四月二十五日开会。一致主张对德宣战。五月初一日，通过国务会议。提出于众议院。初七日，众议院开委员会筹议。有自称公民团的，包围议院，要求必须通过。旋外交、司法、农商、海军四总长辞职。十九日，众议院决议：“阁员零落不全，宣战案应俟内阁改组后再议。”是晚，各督军、都统，分呈总统和国务总理，反对国会所通过的宪法。说“如不能改正，即请解散，另行组织”。旋即先后出京赴徐州。二十三日；黎总统免国务总理段祺瑞职，以外交总长伍廷芳代理。二十九日，安徽宣告和中央脱离关系。于是奉天、陕西、河南、浙江、山东、黑龙江、直隶、福建、纷纷继起。并在天津设立军务总参谋处。通电说：
山西，“出师各省，意在另订根本**，设立临时政府，临时议会。”六月初一日，黎总统令：“安徽督军张勋来京，共商国是。”张勋带定武军五千，于初八日到天津。要求黎总统解散国会。十二日，伍廷芳辞职，国会解散。十四日，张勋入京。
七月初一日，张勋拥废帝溥仪在京复辟。黎总统避入日本使馆，电请冯副总统代行职务，以段褀瑞为国务总理。初四日，冯、段通电出师讨贼，段褀瑞在马厂誓师。以段芝贵、曹锟为司令，分东西两路进讨。十二日，我师复京城。
京师既复，黎总统通电辞职。冯代总统于八月初一日入京。十四日，布告对德宣战。
当国会解散后，广东、广西，即宣告军民政务，暂行自主。重大政务，径行秉承元，不受非法内阁干涉。复辟之后，定后，有人主张：“民国业经中断，可放初建时之例，召集临时参议院。”于是海军第一舰队，开赴广东。云南亦宣拥护约法。八月二十五日，国会开非常会议于广州。议决《军政府组织大纲》：在临时约法未恢复以前，以大元帅任行政权，对外代表中华民国。选举孙中山为元帅。
此时两广、云、贵，完全为护法省分。四川、福建、湖南、湖北、陕西，也有一部分独立的。南北相持于湖南。六年十一月，南军攻入长沙、岳州。七年三月，复为北军所取。南方由两院联合会，修改《军政府组织大纲》：“以政务总裁，组织政务会议，各部长都称政务员，由政务员组织政务院；以政务院赞襄总裁会议，行使军政府的行政权。”旋选出孙中山等七人为总裁。于六月初五日，宣告成立。推岑春煊为主席。国会于十二日在广州开正式会，并续开宪法会议。北方则召集参议院，修改《国会组织法》和《两院议员选举法》，据以选举、召集。八月十二日，选举徐世昌为大总统。于十月十日就职。南方不承认。由两院联合会委托军政府，代行国务院职权，以摄行大总统职务。
徐世昌就职后，通电南方，停战议和。八年二月六日，南北各派代表，在上海开议，至五月初十日而决裂。九年四五月间，北方驻扎衡阳的第三师长吴佩孚，撤防北上。七月间，在近畿和定**冲突。定**败。于是裁督办边防事务处，解散安福俱乐部。是为皖直之战。第三师撤防之后，南军即占领湖南。此时南北两方，均撤换议和总代表。而国会议员，已先于四月间离粤。通电：“政务会议，不足法定人数。所有违法行为，当然不生效力。”七月初十日，国会在云南开会。撤岑春煊总裁之职，代以刘显世。八月十七日，议决国会，军政府移设重庆。十月十四日，又宣另觅地点。是时陈炯明以驻扎漳、泉的粤军回粤。十月二十四日，岑春煊等通电解除军政府职务。二十六日，广东都督莫荣新，亦宣布取消自主。三十日，徐世昌据之，下令接收。并通令依元年《国会组织法》暨《两院议员选举法》筹办选举。是为“旧法新选”。孙中山等通电否认。回粤再开政务会议。十年一月十二日，国会再在广州开会。四月七日，议决《中华民国政府组织大纲》。选孙中山为大总统，于五月五日就职，军政府即于是日撤消。中山宣：“傥徐世昌舍弃非法总统，自己亦愿同时下野。”
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