作为本愿寺分院的愿证寺，很快就成为一向宗徒在东海道地区的重要据点。
这个长岛之地原属伊势国人领主伊藤氏所管辖，其统治中心是在愿证寺南方不远处的长岛城。
长岛地方河流沟渠纵横，水中浮现多个小岛，这些小岛被称为“轮中”，而长岛城与愿证寺就位于同一个“轮中”上。
一山难容二虎，因为愿证寺势力并非甘心和平的传教，他们与伊藤氏不断争夺对附近百姓的控制权，就此引发了长年的争斗。
继莲淳之后，实惠，证惠，证意等人先后成为愿证寺的住持，经过这四代七十多年的不懈努力附近大大小小的国人领主全都自愿或被迫的成为了一向宗的信徒，长岛地区变成了一个宗教独立王国。
织田信长对这个近在卧榻之侧的势力一直保持着高度警惕，不过愿证寺并非无根之草，在他背后还有石山本愿寺，还有庞大并且繁多的各地一向宗信徒团体，所以他虽然统一尾张，吞并伊势，却还并不敢向长岛下手。
领兵上洛的时候，信长派弟弟织田信兴担任尾张国小木江城城主，以监视长岛一向宗教徒的动静。
织田彦七郎信兴，乃是织田信秀的第七个儿子，他所受封的小木江城在尾张国西部，靠近伊势边境，登高即可望见长岛，元龟元年九月，因为织田信长与石山本愿寺开战，显如上人就号召全国的一向宗教徒联合起来，讨伐佛敌织田信长，如有敢不遵从的，一律破门开革。
收到法旨的愿证寺不敢怠慢，立刻行动起来。于是当年十一月，长岛一向一揆蜂起，东进围攻小木江城。
此时信长还在比叡山与浅井，朝仓联军对峙，无力派发援军，城池遂被攻破，织田信兴登上本丸天守阁，可怜兮兮的切腹而死了。
此次一揆与以往不同，因为石山本愿寺虽号为一向宗的总本山，历任法主却靠拢封建大名，一般情况下并不支持信徒的暴动，然而“石山合战”开始之后，显如上人公开号召全日本的信徒起来抗击信长“暴政。”为保卫寺庙而战，长岛就在织田氏的根据地尾张侧腹。
长岛一揆在畿内的本愿寺总本山更使织田信长惊慌恐惧。
于是他立刻囤积粮草，整备兵马，准备发动大规模的讨伐战。
然而长岛地区河流纵横，到处都是小岛，光靠陆军是很难展开全面进攻的。
想要消灭长岛的一向一揆势力，就必须调集大量战船，并且组织一支机动灵活的水面部队。
基于这一原因，信长虽然很为兄弟信兴的死亡感到悲痛，并且愤怒万分，他却不敢感情用事，准备了整整半年，才在次年也即元龟二年的五月兵发长岛。
元龟元年，十二月。
近江，佐和山城。
佐和山城已经被织田军死死的包围了起来，佐和山城的城主是近江国中有数的猛将矶野丹后守员昌。
天守阁中，矶野员昌愁容满面的坐在里面，不时的发出一两声叹息。随着城内的粮食的大大减少，守城士卒的士气也在一天天低落下去，矶野员昌正为这个发愁呢！
“主公，木下秀吉公的使者求见！”一个守在门口的武士大声说道。
“又来了吗？”矶野员昌暗自腹诽一句，“让他进来吧！”矶野员昌说道。
“嘿！”紧接着，一个身形矮矮的中年人走了进来。
“丹后守大人，咱们又见面了！”那个中年人一进来就笑呵呵的对矶野员昌说道。
矶野员昌冷哼一声，说道“我可不想见到你，你又是来说降的吧！我再说一次，我是不会投降的！”
那个中年人依然笑着说道“丹后守大人，我就知道你是这句话，但是你不为自己考虑，也要为这城中的士卒们考虑一下吧！我织田家对于佐和山城是势在必得，信长公现在如日中天，正是你投营报效的好时候啊！”
矶野员昌眉头紧皱，过了良久，他说道“你先走吧，我再考虑考虑。”
中年人使者知道矶野员昌已经有些心动了，心知这样的事急不来，因此也不过多纠缠，告罪一声，随即退下。
入夜，美丽的月亮也露了出来。
矶野员昌躺在榻榻米上，虽然已经半夜，但是他依然没有睡着。
“唉”他不时的发出叹息，显然还在因为白天的事而着急。
这个时候，就在他的头顶的正上方，一个黑影忽然落了下来。
矶野员昌猛然起身，抽出佩刀，指着黑影低声喝道“来者何人？”
黑影露出一个神鬼莫测的笑容，你缓缓的走到矶野员昌旁边，低声说道“丹后守大人，不必舞刀弄枪的，在下不会伤害你的。再说了，就算我想有什么小动作，以你的实力，对付我还不是分分钟的事。”
矶野员昌闻听此话，放下佩刀，但是全身依然处于戒备状态。
“你是织田家的人吗？”矶野员昌问道。
“不，在下是竹中家军情处成员藤林保武是也。”黑影说道。
“竹中家？”矶野员昌疑惑的看着藤林保武。
“没错，我是代表竹中家家主竹中久作大人前来，希望你能够加入我们竹中家的！”藤林保丰诚恳的说道。
“哼，要我加入竹中家？给我一个理由！”矶野员昌冷哼一声，说道。
藤林保武嘿嘿一笑，说道“丹后守大人，我知道织田家已经多次对你派出了招降的使者，但是织田信长此人喜怒无常，你以降将身份投入织田家，难道会得到重用吗？还不如加入我竹中家，我竹中家愿意以一万石的知行招揽你。”
“一万石？”矶野员昌惊愕了一下，虽然他原来是浅井家中第一猛将，但是现在这种情况，是不会有人对一个还在苟延残喘的将领开出这么大的价码的，就算是之前木下秀吉派来的人也没有这样的高价。
矶野员昌略一思索，问道“我到了竹中家除了这个，还有什么好处吗？”
藤林保武说道“当然，作为一名优秀的武将，主公绝对会对你予以重任的，主公再来之前明确的对我说过，只要你愿意加入我竹中家，加贺军团的副职，就由你担任！加贺军团可是我竹中家人数最多的一个军团啊！”
矶野员昌有些心动了，他看向门外，犹豫着说道“我可不可以带几个亲信武士去呢？”
藤林保武大喜过望，知道矶野员昌这是已经同意了，连忙说道“当然可以，不过速度得快，最好今晚出发，我竹中家的人已经在城外等候了！”
矶野员昌一咬牙，说道“好，我这就准备。”
过了许久，矶野员昌一行人终于准备完毕，一行人顺着后山的一条小路偷偷的逃出了佐和山城。
第二天一早，终于有侍女发现了不对，很快消息传遍了整个佐和山城。
在群龙无首的情况下，他们推举出一个武士，正式向城外的木下秀吉和丹羽长秀投降。
佐和山城，终于被织田家拿下，但是确错失了矶野员昌这样一员大将，令原本成竹在胸的木下秀吉非常愤怒，他到现在还不知道到底是谁救走了矶野员昌。
浅井家因为去年的协议被迫龟缩于琵琶湖东北一隅，如此大面积的收缩领土，分明再无南下与织田家争雄之意。
在佐和山城投降之后，信长任命丹羽长秀为佐和山城城代。
听闻矶野员昌不知所踪，佐和山城不战而降，浅井长政十分恼怒，也异常惊慌，他立刻点齐兵马，于五月六日率军离开小谷城，再度进入姊川流域，准备攻打木下秀吉守备的横山城。
木下秀吉先发制人，率领百余骑潜出横山城，随即会合了堀秀村，樋口直房等降将的部队，总数约五六百，在箕浦地方对战将近十倍于己的浅井军。
因为秀吉的奋战，浅井长政被迫退回小谷城，而织田信长也得以暂时没有后顾之忧地开始了他的第一次长岛征伐战。
五月十二日，信长亲统大军，浩浩荡荡的杀往伊势长岛。
他兵分三路，佐久间信盛，浅井新八，山田三左卫门，长谷川丹波守，和田信介，中岛丰后守等出中筋口，柴田胜家，市桥长利，伊贺平左卫门，稻叶一铁，塚本小大膳，不破光治，丸毛长照等出大田口，三路南下指向愿证寺。
信长自己则坐镇津岛，亲自指挥。
虽然气势汹汹而来，结局却是悲剧性的。此时长岛一向一揆的实力与进攻小木江城之时又有所不同，因为本愿寺料到信长不会放过近在咫尺的长岛愿证寺，迟早会爆发一场惨烈的攻防战，于是就在年初派了能征惯战的坊官下间赖且，赖成二人率领更多的一向宗教徒秘密进入长岛地区。
此时长岛地区一向一揆兵员，武器都很充足，又有了统一的指挥，信长不明敌情，轻率杀来，其结局也就可以料想得到了。
在下间赖且等人的谋划下，一揆众先是边战边退，诱使织田军渡过河川，进入各个轮中，随即就趁着黑夜掘开堤坝，放水冲击。
织田军激战了一天，正在扎营休息，突然四处巨响连天滚滚浊流汹涌而来，无不惊慌失措，夺路而逃。
此时一揆众早已三三两两的接近了织田军的阵营，利用地形之便，躲藏在山上，林间，不断的向敌军发射铁炮和弓箭，这样一来，织田军阵列更为混乱，成片的尸体倒了下去……
等到天亮的时候，各军损失报告汇总到信长面前，他终于清醒的认识到，这仗已经不能再打下去了，如果仍旧执着于挺进愿证寺，只会在长岛这个泥潭中越陷越深，最终恐怕会全军覆没。
于是信长无奈的下达了撤退的命令，他的这一着也早就被敌人料到了，一揆众已经埋伏在了织田军的退却途中，铁炮声依旧四下响起，箭矢则如同雨点般落在士气低落的织田军头上。
三路大军损失严重，尤其以走大田口一路的殿后部队最为凄惨，猛将柴田胜家负伤，这样，第一次长岛征伐战以信玄彻地败北告终。
长岛惨败之后，织田信长退回岐阜城，检点败兵发现虽然没能见到一向一揆的影子，本方的损失竟然比姊川合战还要大。
他虽然心有不甘，可也无力在短时间内组织起第二次长岛征战了，只得暂时停止了大规模的军事行动，重新整备部队，恢复士气。
到了当年八月，近江突然传来新的消息“朽木信浓守殿下愿为我方内应，夹攻志村城。”信长闻报大喜，立刻从岐阜出阵，杀奔江南而去。
朽木信浓境守元纲在近江国内可谓鼎鼎大名，无人不知，无人不晓。
他本是琵琶湖西朽木谷地方的国人领主，最初从属于六角氏，后来浅井长政联合朝仓军攻打六角义贤的时候，他就转而归附了朝仓氏。
等到信长上洛，书信到处，元纲表示愿意拥戴足利义昭将军，于是名义上又变成了义昭的从属。
信长金崎撤退的时候，因为浅井军堵住了琵琶湖东岸，他被迫转道琵琶湖西岸，打算经过朽木谷回归京都。可是当天半夜跑近朽木谷城一看，只见城门紧闭，毫无放他通过的迹象——当时近江局势晦暗不明，朽木元纲是没道理明确亮出旗号，站到信长一边去的吧。
况且传说浅井长政起兵的时候，还暗派使者前往京都二条城去通知了足利义昭，义昭闻言大喜过望“这下子，那个可恶的信长肯定要没命了！”于是秘密命令附近各从属于他的国人领主准备袭击信长的败军，朽木元纲应该也接到了这个指令。
正当信长危急万分的时候，“天下至恶”松永久秀突然冒了出来，请令说“我与信浓守素来交厚，请让我去说服他打开城门。”无路可走的信长只得应从了久秀所请。
说也奇怪，一向脑有反骨的久秀这次却并没有耍什么花样。