巫妖大战是自天地诞生以来的第三次席卷整个世界的大劫，这次大劫的主角是以帝俊和东皇太一为首的妖族和十二祖巫为首的巫族之间展开，结局是二族近乎于灭亡，从此退出洪荒天地，此后人族开始登上历史的舞台。
话说东皇太一和帝俊兄弟联手征战四方，以雷霆手段强势降服万族，并将其统称为妖族。之后，他们建立了上古天庭，太一自称为「东皇」，而帝俊则称为「天帝」。
东皇太一拥有一件开天圣器——混沌钟，其威力无穷，可以禁锢时间、镇压空间，能无视一切神通法术的伤害，集攻防于一体，悬于头顶之上，先立于不败之地。
帝俊在战斗方面可能略有不足，但衪是史无前例的阵法大师。有周天星斗大阵和混元河洛大阵，前者能汇聚周天亿万星斗之力，威力之强，难以想象。后者则是一种操控时间和空间的法阵，两座大阵可以同时发动。因此其综合实力完全不逊色于东皇太一。
第三纪元时巫妖二族中的妖族管天，巫族掌地。同一片天地难容二虎，各种各样的矛盾由来已久，无法调和。
东皇太一和帝俊十分忌惮巫族的实力，尤其是血脉最纯正的十二祖巫，而且衪们组合起来还能布下十二天神煞大阵，召唤盘古肉身，威力之强，不在天道圣人之下。
所以一直以来哥俩都在想办法削弱巫族的实力，甚至有时候还主动挑起巫族内战。
在东皇太一和帝俊的设计挑唆下，十二祖巫中的火神祝融和水神共工，因水火不相容，二巫在不周山大战，双双身损，巫族实力下降。（其间共工愤怒撞断不周山，此事各种典籍多有记载，因而时间不确定，待考，如《山海经》记载，共工为炎帝之子，但此时尚无人族）。
十二祖巫只剩十个祖巫，按理是无法布下十二天神煞大阵了；而在天庭，有周天星斗大阵和混元河洛大阵守护，妖族渐渐放松了警惕。东皇太一和帝俊便常年闭关，想要早日证得混元，成就圣人之位。
帝俊十子即十大金乌平时挂于东方扶桑树上，轮流升空照耀天地。在帝俊和太一闭关时戏耍玩闹，忽一日，十子齐出十日凌空，火辣辣的阳光直射大地，烤死庄稼，晒焦树木，河流干枯，大地上的巫族纷纷死去。
《山海经·海外北经》记载：夸父与日逐走，入日。渴欲得饮，饮于河渭，河渭不足，北饮大泽。未至，道渴而死。弃其杖，化为邓林。
大概的意思是大巫夸父（祖巫后土之孙）怒而逐日，就是非得弄死这十大金乌的意思，为族人报仇未果，被渴死。
夸父的至交好友大羿，巫族新一代大巫的佼佼者，愤怒之下举全族之力，加以巫族各种秘术，造箭射杀九只金乌，在动手射死最后一只金乌时，衪们的叔父东皇太一借助混沌钟先于帝俊一步赶到将其救下。
这便是巫妖大战的导火索，先有十日凌空，后有夸父逐日，再有大羿射日。
东皇太一大怒，试想，自己从小看着长大的十个侄儿一下子死了九个，焉能不怒。大羿又岂是暴走的东皇对手，最终被杀死，一点真灵被封困在太阴星，化作吴刚，意为即便是大羿死了也不能轮回。
巫族死了两位有机会扛鼎的大巫，尸首居然也不得保全；妖族死了九位太子，双方的前仇新恨在此刻统统爆发。
这场旷日持久的战争不仅使巫族损失惨重，也让妖族付出了不小的代价。据神话记载，双方在无数年月里，小战无数次，大战五次。
为了尽快解决巫族的威胁，在帝俊精心的策划下，东皇太一率领众妖将设计引巫族入天庭内部，意图凭借周天星斗大阵守护天庭，再用河图洛书做阵眼的混元河洛大阵一举消灭巫族的这些核心力量。此时妖族有东皇太一、帝俊、羲和、望舒、妖师鲲鹏，以及众多太古洪荒妖神(十二妖神:商羊、陆吾/开明兽、计蒙、英招、白泽、穷奇、钦原、鬼车、毕方、九婴、重明鸟)。
巫族剩余的十祖巫(共工与祝融在不周山陨落)，率领大量太古洪荒大巫(蚩尤、九凤、刑天、相柳、于儿、禺虢等等)勉强布出了残缺版的十二天神煞大阵，一同杀上太古洪荒天庭，行伐天之举。
双方大战旷日持久，但此时毕竟妖族是主场，正当战争走向有利于妖族时，妖师鲲鹏突然盗走河图洛书，使得河洛大阵瞬间失去威能。这一意外的变故令所有人都感到意外，导致妖族有大败迹象。
帝俊震惊不已，心神恍惚间被祖巫围杀，眼看不能活命，惊怒交加下毅然自爆身躯，蓐收、句芒和奢比尸被覆灭。
东皇太一见计划被破坏，且哥哥帝俊也已丧命，心中充满了极度的悲愤，暴怒之下化身三足金乌催动东皇钟自爆元神，屠戮了多位祖巫。巫族这一方最强的玄冥见取胜无望，万念俱灰之下自爆元神，与东皇太一双双陨落。
此时巫族仅存奄奄一息的后土，妖族剩下重伤不能再战的白泽，至此，妖巫俱殒！
东皇太一仅剩一丝真灵结合夸父与大羿的精气一同汇入先天红葫芦中，炼制了斩仙飞刀交予小金乌。
小金乌于封神之际化身为陆压道人，内心出于对前世的愤恨，也为了在新的天道下族群的生存，便去搅浑本就不干净的水，杀死了赵公明，让阐截两教矛盾愈演愈烈，最终爆发全面大战。这把斩仙飞刀也成了封神大战时赫赫有名的大凶器，这都是后话。
巫族伐天，有灭世之孽障，受天地厌弃！
后土化身六道轮回，从此地府建立，万灵魂魄能得以轮回，其功德足够在第四世成圣。不过为了护住巫族血脉，只能用功德填补这份业障！
巫族血脉保住了，但后土也没法成圣，且不能出地府只能永世镇守。这和龙汉初劫时的龙族填海眼如出一辙。
巫妖大战后，残余的妖族势力在白泽带领下去了环境恶劣、人迹罕至的北俱芦洲隐匿不出。
残存的巫族在刑天等大巫的带领下前去地府，在地府后土娘娘的庇护下算是逃得一劫。
巫妖大战，由于双方的顶层皆战死，故而没有胜利者。巫妖两族元气大损，人族强势崛起，在三皇治世、五帝为君后日渐兴盛，开始了称霸洪荒的时代。