刘裕曾与朱龄石讨论作战策略，认为谯蜀鉴于上一次刘敬宣伐蜀是从内水攻蜀，必会猜度晋军这次想由外水进攻，然而因想出其不意，仍然从内水进攻。
故此认为谯蜀应当会置重兵在涪城（今四川绵阳市涪城区），于是决定晋军主力这次要从外水进军成都，以疑兵出内水。
为免军情外泄，刘裕特别将一封密函交给龄石，示意到白帝时才能打开，故此大军自江陵出发后一直都不知循何道进军，谯蜀亦无从以晋军势态察知刘裕的图谋。
至白帝时，朱龄石公布密函：“大军一律经外水攻向成都，臧熹、朱林在中水攻取广汉，命弱兵搭乘十多艘高舰由内水兵向黄虎。”
此后朱龄石就率大军加快速度行军。而谯蜀果如刘裕所想，设主力防备内水，命谯道福在涪城驻以重兵，别遣侯晖及谯诜领万余屯彭模（今四川彭山县南），依水两岸建城垒作防御。
义熙九年（413年），晋军成功灭谯蜀，巴蜀地区再入南方版图。刘裕加授羽葆、鼓吹及班剑二十人。刘裕灭蜀后，下令精简各地劳役，让人民得到休息。
早在义熙元年（405年），仇池国氐王杨盛趁谯纵叛晋之机，发兵占据了无主的汉中。
后遭后秦攻击，仇池又以地请降后秦。义熙三年（407年）四月，仇池趁后秦西面战事受挫，便又统兵占据了汉中。
义熙九年（413年），刘裕征蜀时，就图谋收复汉中。
当刘裕的西征大军攻占益州，灭掉西蜀政权后，便趁胜出击汉中反攻仇池守军，仇池一溃千里，被迫撤出汉中，献上降表，向刘裕称臣。
之后刘裕开始对南朝内部改革，史称义熙改革。
义熙改革（刘裕改革），指刘裕于公元405年开始，针对东晋以来的政治、社会各方面的问题，进行的一系列的改革，包括：
实行土断法，恢复秀才、孝廉策试的制度、整顿赋役制度、取消苛捐杂税、禁止豪强封固山泽、抑制兼并、赈济穷人、精简侨州郡县、削弱士族权力、强化中央集权等。
改革进一步打击了腐朽、黑暗的贵族、士族势力，改善了政治和社会状况，对劳动人民的痛苦亦有所减轻。
为“元嘉之治”奠定了雄厚的政治基础，也奠定了南朝政治的雏形。
自从东晋建立以来，朝廷的纲纪松弛紊乱，权贵之门互相兼并，老百姓流离失所，不能保持自己的产业。
东晋政治，是西晋政治的继续。
首先是用人，“举贤不出世族，用法不及权贵”，和西晋完全相同。大族人可以做大官，做大官可以横行不法，人民的痛苦，从这两句话里也就可见一般了。
其次，皇权旁落，士族豪强挟主专横。由于侨姓世族持续侵犯江南经济并打压南方世族入仕朝廷，使得侨吴世族在政治及经济上的冲突仍在。加上世族对寒族歧视、与朝廷分庭抗礼，中央与方镇对立及野心家的崛起，使得东晋一朝始终动荡不安。
特别是后期的司马道子父子当权，贪污奢侈，政治败坏到无以复加的地步，人民负担沉重，社会矛盾加剧。
公元383年的秦晋淝水之战，是东晋十六国历史的重要转折。战后，北方再度陷于分裂，战乱蜂起，南方东晋政权在侥幸的胜利面前并没有振作起来，以司马氏为代表的士族奢迷酒色，罢默贤臣，按人当道，使“晋政宽弛，纲纪不立，豪族陵纵，小民穷理”。统治集团的内部矛盾、阶级矛盾和民族矛盾，日益激化。
在这个时候，一个本来不惹人注目的寒门庶族地主-刘裕“奋起寒微”，依靠军功和手中握有的北府兵权，登上了历史舞台，他和他周围的人们组成的寒人武士集团，开创了寒人掌权的局面。
公元420年，灭掉东晋，建立了南朝第一个朝代-刘宋政权。
在刘裕入朝执政到称帝的二十年中，他在政治、经济、军事方面采取了一系列有效措施，力矫晋时弊政，加强集权，铲除分裂割据势力，努力发展经济，并在此基础上两次北伐，消灭南燕、后秦，使南方出现了一百多年来没有过的统一。
其子刘义隆（宋文帝）继续刘裕的政策，终于出现了“元嘉之治”这个分裂时期的大治盛世。
刘裕从他掌权时起，到他代晋做了皇帝，曾对当时积弊已久的政治、经济状况有所整顿。
主要有如下几个方面：
他当时罢掉或处死的官吏，有许多是士族或皇族出身。他的亲信、功臣中，有“骄纵贪侈，不恤政事”的，他也严厉惩罚，甚之处死。
东晋时期，中央和州、郡的大权一直掌握在王、谢、庾、桓四大家族手中，选拔官吏，主要依据门第，所谓“下品无高门，上品无贱族”。选出的官吏多是无才无识之辈。
刘裕掌权后，下令改变这种状况，要求按照九品中正制初置时的精神，选拔人才。他重用出身“寒微”的人，如刘穆之、檀道济、王镇恶、赵伦之等。
刘裕于义熙九年（413年），再次实行“土断”政策。除南徐、南兖、南青三州都在晋陵（今江苏镇江、常州一带）界内，不在土断之列外，其余都依界土断。
多数侨置郡、县被合并或取消。在户籍上，不再分土著和侨人。对于势家大族隐藏户口的，严厉清查。
还禁止豪强封锢山泽、乱收租税，人民可以任意樵采捕捞。刘裕实行义熙土断时，除徐、兖、青三州居住在晋陵（今江苏镇江、常州一带）的住户可以不进行外，其他流寓郡县大多被并省，归入本地郡县。
会稽（今浙江绍兴）四姓中的余姚士族虞亮抗命，藏匿亡命千余人，被处以死刑，于是豪强肃然，远近知禁。
义熙土断，是第四次土断，也是比较彻底的一次，它打击了东晋豪强士族势力，对维护东晋政府的兵役来源和租赋收入，起到了重要作用。
刘裕亦于义熙九年（413年），将临沂、湖熟原属皇后所有，用来资助其化妆品开销的田地分配给穷人。如此削夺了世族以及皇室的私产，用来资济人民。
即位为帝后，更派大使巡行四方，举善旌贤，访问民间疾苦。
四、刘裕还恢复了秀才、孝廉策试的制度，这就阻断了门阀士族的仕进之途。
之前，州郡所送的不经策试的秀才、孝廉多非其人，大约都是以门第关系进来的。
刘裕于义熙八年（412）上表，请求遵循旧制，并主张用考试的办法加以甄别。一方面把决定权更多地集中在朝廷，一方面限制和打击了门阀和豪强的势力。
刘裕下令严禁地方官吏滥征租税、徭役，规定租税、徭役，都以现存户口为准。凡是州、郡、县的官吏利用官府之名，占据屯田、园地的，一律废除。凡宫府需要的物资，“与民和市”，照价给钱，不得征调。还减轻杂税、徭役等。
六、刘裕即位后，免去了一些苛捐杂税，“蠲租布二年”，使百姓减轻一些负担。对于那些原来因战争需要被征发的奴隶，也一律放还。
东晋末年，置官滥乱，给人民带来沉重负担，刘裕也能及时制止，规定“荆州府置将不得过二千人，吏不得过一万人；州置将不得过五百人，吏不得过五千人”。
七、刘裕即位后，下令凡宫府需要的物资都要到市场采购，照价给钱，不得向人民征调。又下令官员不可征去人民车牛，亦不能以官威逼迫人民献出车牛，另亦将繁多的交易税项作出减省，便利市场商业交易。
八、刘裕在建立南朝宋后，亦削弱强藩，集权中央，于是限制了荆州州府置将和官吏数额，前者不可多于二千人，后者亦不可多于一万人；另其他州府置将及官吏数亦不分别不得多于五百人及五千人。
为防止权臣拥兵，他特别下诏命不得再别置军府，宰相领扬州刺史的话可置一千兵。而凡大臣外任要职要需军队防卫，或要出兵讨伐，一律配以朝廷军队，事情完结后军队都需交回朝廷。
另外，刘裕为防止外戚乱政，下令有幼主的话都委事宰相，不需太后临朝。
九、刘裕虽然是行伍出身，却能注重学校教育。他认为，东晋末年以来，“戎马在郊，旌旗卷舒，日不暇给。遂令学校荒废，讲诵蔑闻。。训诱之风，将坠于地”。
于是，下诏要选备儒官，弘振国学。刘裕振兴学校教育固然是为了巩固封建统治的需要，但它在另一方面，却带来了全社会注重学校教育，改善社会风气的结果。
东晋以来，山湖川泽多为门阀和豪强霸占。一般老百姓使用，要向他们纳税。
公元413年，刘裕下令禁断这些人封固山泽，免去所有有关的税，还山于民，还地于民。
刘裕对东晋以来的一系列弊政进行全面的改革，使社会政治、经济和文化状况渐渐好转，国家元气逐渐恢复，致使在其子刘义隆当政时，出现了小康局面，“余粮息亩，户不夜扃”。