事实上，侵占波兰是第三帝国第三次成功吞并他国领土。1938年，德意志吞并了独立的奥地利共和国。同年后期，德军毫无阻拦地进入了捷克斯洛伐克境内的德语边境地区。这两个行动都被国际协定所认可，大体上也被这些区域的居民所欢迎。这可以看作是对《凡尔赛条约》的正当修正，因为《凡尔赛条约》虽宣扬民族自决的基本原则，却不同意上述中东欧地区的德语人群实现此原则。但在1939年3月，小胡子就已经明显违反了前一年的国际协定，德军迈进了捷克斯洛伐克的其余领土，将它肢解，并在捷克地区建立了波希米亚和摩拉维亚保护国（Reich Protectorate of Bohemia and Moravia）。这是第三帝国第一次大量占领中东欧非德语区领土。事实上，呐粹计划在中东欧和东欧为德意志人拓展一个新的“生存空间”（Lebensraum），让斯拉夫民族失去地位，沦为德意志主人的奴隶和供养者，该计划酝酿已久，这只是第一步。在新的保护国中，捷克人被当作二等公民看待，为了补充急需的劳动力，那些被征召进德意志战地和工厂的人都受到了极其严厉的法律和警察制度监管，其严苛程度比德意志人自己在小胡子统治下所经历的还要大。
同时，捷克以及新（名义上）独立的斯洛伐克都获准设立自己的政府、法院和其他机构。一些德意志人至少对捷克文化保留了一定程度的尊重，而且捷克的经济无疑是很发达的。但德意志人对波兰和波兰人的看法就负面得多了。独立的波兰在18世纪被奥地利、普鲁士和鹅国所瓜分，一战结束后才重新成为主权国家。在那一时期，德意志民族主义分子大多认为波兰人根本无法管理自己。“波兰式的混乱”（Polenwirtschaft）是一个表达混乱和无能的常用短语。在学校教科书中，波兰通常被描述为一个经济落后又信仰天主教迷信的形象。入侵波兰对波兰境内讲德语的少数民族并没有起到什么作用，因为他们只占总人口的3%。与此相较，在捷克斯洛伐克共和国境内，德意志人占到了居民总数的将近1/4。在这种想法的长期灌输下，几百年来，德意志人都认为他们承担着教化波兰的使命。现在是时候再来一次了。
在战前，小胡子对波兰和波兰人并没有什么偏见，与他一直都不喜欢的捷克人相比，他对波兰的个人态度比较模糊，但对捷克人的厌恶却是在1914前的维也纳就已经形成。华沙军政府拒绝对他提出的领土要求做出任何让步，这使得他关注波兰并迅速转变了对波兰的态度。与之相对，1938年捷克人在国际压力下屈服，愿意与第三帝国合作，同意其肢解甚至最终控制他们的国家。英法两国拒绝迫使波兰对第三帝国的某些要求做出让步，比如将但泽还给德意志，这让局势变得更糟了。1934年，小胡子与波兰人缔结十年期的互不侵犯条约，表明波兰在未来有可能成为在德意志主导的欧洲秩序下的一个卫星国。但是到了1939年，波兰已经成为第三帝国向东扩张的严重障碍。因此它必须从地图上消失，并且要受到残忍的掠夺，以为即将到来的西线战事做经济上的准备。
1939年8月22日，入侵前的最后准备正在进行，而要如何处理波兰的决议还没有敲定，小胡子就接下来攻打波兰的设想，对他的主要将领说道：
“我们的力量在于速度和粗暴。成吉思汗毫不留情地宰杀了成千上万妇女和儿童，历史却只把他看作是一个国家的伟大缔造者……我已经下令，敢有丝毫反对的人都格杀勿论。战争的目标不在于夺取某个阵地而在于彻底歼灭敌人。因此，目前仅在东面，我已经命令“骷髅总队”做好准备，将波兰民族和讲波兰语的男人、女人和孩子通通处死，不得手软……波兰人将会锐减，波兰终将由德意志人定居。”
他告诉戈培尔，波兰人“兽性多于人性，完全是又愚蠢又丑陋的......波兰人的污秽令人无法想象”。他认为波兰就该被征服，绝不能手软。1939年9月27日，他告诉呐粹党理论家阿尔弗雷德·罗森贝格（Alfred Rosenberg）说，“波兰人徒有日耳曼人的外表，皮囊下净是见不得人的东西......城市布满了灰尘......如果接下来的几十年，波兰再继续统治这一古老的日耳曼地区，一切都会变得腐朽和衰败。现在需要有一个果敢的人来治理。”
小胡子的自信心一天天膨胀，直到1939年9月，也没有任何迹象表明英法将会出手援助波兰人。德军的胜利更是增强了他不可战胜的信心。第三帝国建立波希米亚和摩拉维亚保护国主要是出于战略和经济考量。但占领波兰后，小胡子和呐粹分子首次打算全面推行其种族主义意识形态。沦陷的波兰成为小胡子在中东欧建立新种族秩序的试验场，他试图接下来在中东欧地区——白俄罗斯、鹅国、波罗的海国家和乌克兰——复制该模式。呐粹之前曾提出在东部为德意志人建立新“生存空间”的想法，而现在这一举动意味着当初的理论将要付诸实践了。
小胡子本打算让波兰人在残留的领土中自治，但到了1939年10月初，他已经完全放弃了这个想法。大块的波兰领土被帝国吞并，重新划分并建立了新的但泽—西普鲁士帝国大区以及波森帝国大区（Posen，不久更名为瓦尔塔兰［Wartheland］），前者由但泽的呐粹党地方管理人阿尔贝特·福斯特（Albert Forster）管理，后者由但泽前参议院主席阿图尔·格赖泽（Arthur Greiser）管理。波兰的其他国土并入帝国现存的东普鲁士和西里西亚行政区。这些举措使第三帝国的国境线向东推进了大约150～200千米。总共9万平方千米的领土被并入了第三帝国，随之并入的民众人数达到了1000万，其中80%是波兰人。
波兰的其他部分就是所谓的“总督府”（General Government），处在汉斯·弗兰克（Hans Frank）的专断统治之下。弗兰克是呐粹的法律专家，20世纪20年代，他因在刑事案件中为呐粹党人辩护而声名鹊起，之后升任帝国司法专员以及呐粹律师联盟负责人。尽管他对小胡子忠心耿耿，但弗兰克与海因里希·希姆莱（Heinrich Himmler）及党卫队冲突不断，因为希姆莱不像他那样尊重法律程序，而将他调到波兰是疏远他的最简便的方法。
然而，因其丰富的法律经验，弗兰克很适合建立一套全新的行政体系。总督府包括卢布林区（Lublin）以及华沙和克拉科夫省的部分地区，总共有1100多万名民众。与波希米亚和摩拉维亚不同，它不是一个保护国，而是一块殖民地，不在帝国统辖范围内，亦不受其法律约束，生活其中的波兰居民实际上既无公民权也无国籍。弗兰克担任总督，几乎处于至高无上的地位，而他的残暴倾向很快就转化为实际的暴行。福斯特、格赖泽和弗兰克身居行政要职，如今，波兰的整个沦陷区都操纵在呐粹运动中冷酷无情的“老战士”手里，预示着极端的呐粹意识形态将会得到全面贯彻并成为占领区的指导原则。
1939年10月17日，小胡子向一小部分高级官员宣告了他的意图。小胡子告诉他们，总督府将从脱离帝国中而自治。它将是“激烈的民族斗争之地，这种斗争不容许任何法律制约，斗争方式和我们的普遍原则也相悖”。他不会试图在这里建立高效而有序的统治，“必须让‘波兰的混乱’继续发展下去”。但交通和通信必须维护，因为在将来时机成熟时，波兰将会是入侵苏联的“成熟跳板”。除此之外，“任何试图稳定波兰局势的努力都将受到压制”，行政管理的任务并不是“为国家奠定良好的经济和财政基础”。绝不给波兰人表达自己主张的机会，“必须阻止波兰知识分子自发形成统治阶层，人民的生活必须维持在低水平，这一国家对我们而言只能是劳动力的储备库”。
这些极端政策由当地的准军事组织和党卫队特遣部队共同实施。战争刚打响，小胡子就命令在波兰组建一个“德意志民族自卫队”（Ethnic German Self-Protection），该民兵组织不久就在党卫队的庇护下成立了。民兵部队组织起来后，在西普鲁士由希姆莱的副官鲁道夫·冯·阿尔文斯莱本（Ludolf von Alvensleben）率领。1939年10月16日，他告诉士兵们：“你们现在是这里的主宰民族（master race）……不要手软，不要留情，要消灭一切非德意志民族的人，清除一切不利于建设工作的障碍。”
在没有得到任何军政或民政机关授权的情况下，这些民兵便开始大规模枪杀波兰平民，全面报复波兰曾对德意志民族实施的暴行。阿尔文斯莱本于1939年10月7日报告说，已经有4247名波兰人被施以“极端措施”。仅在1939年10月12日到11月11日的一个月内，就有大约2000名男子、妇女和儿童被民兵组织枪杀于克拉默（Klammer，库尔姆区［Kulm］）。在德勒加斯（Dragass）教区，民兵把1万多名波兰人和猶太人带到了姆尼谢克（Mniszek），强迫他们沿着砂石场边缘排成一排，然后集体枪杀。截至1939年11月15日，民兵组织又在德军士兵的帮助下，在岑佩尔堡区（Zempelburg）里靠近卡尔斯霍夫（Karlshof）的森林里枪杀了8000人。到1940年初这些暴行才告一段落，数以万计的波兰人倒在了盛怒的民兵枪口下。例如，在西普鲁士的科尼茨城（Konitz，今霍伊尼采［Chojnice］），当地的新教民兵对波兰人、天主教徒、猶太人及任何不合呐粹理念的人都充满憎恶和蔑视，9月26日，他们一怒之下枪杀了40名波兰人和猶太人，在杀戮之前甚至连个形式上的审判程序都没有。截至次年1月，受害的猶太人和波兰人的人数达到了900。1939年最后3个月内，有6.5万名波兰人和猶太人遇害，其中差不多一半是被民兵所杀，有时手段极短残忍。这些只是开战以来德军对平民的首次大规模屠杀。
在1939年期间，希姆莱、赖因哈德·海德里希（Reinhard Heydrich）以及党卫队的其他主要领导人进行了一个漫长的争论。从第三帝国发动战争开始直到现在，他们已经控制了各种各样的机构——包括党卫队保安处（SS Security Service,SD）、国家秘密警察局（Geheime Staatspolizei）、刑事警察局（Criminal Police）以及大量特别部门——
如何以最佳方式组织这些机构就是争论的焦点。因为即将入侵波兰，所以他们的争论变得更加紧迫。可以确定的是，如果这些部门想要在强大德军面前有效运行，那么其责任的分配以及警察部门和保安部门之间权力的划定就必须要重置。
1939年9月27日，希姆莱和海德里希创立了帝国保安总局（Reichssicherheitshauptamt,RSHA），使警察和党卫队的各个不同部门均从属于一个统一的中央集权指挥部。经过接下来数月的精心筹划，这一机构最终由7个部门组成。其中的两个部门（第一和第二局）负责行政事宜，处理从就业状况到人事档案在内的各种事务。
1940年6月，原来的局长维尔纳·贝斯特（Werner Best）最终被他的对手海德里希排挤掉，其职责由几个野心小一些的人代理。海德里希的党卫队保安处掌管第三和第六局，分别负责国内和国外事务。第四局由国家秘密警察构成，下设各处，包括对付政敌处（IVA）、教会和犹太人处（IVB）、保护性拘留处（IVC）、占领区处（IVD）和反间谍处（IVE）。刑事警察局被安置在第五局。第七局则用来调查各种对立的意识形态。整个组织庞大而复杂，又因内部争权夺利而显得分散，而周期性的人事更迭更削弱了它的作用。
然而，许多关键人物的存在仍保证了整个组织一定程度的持续和稳定——尤其是总负责人赖因哈德·海德里希、国家秘密警察局的首长海因里希·米勒（Heinrich Müller）、掌管第三局的奥托·奥伦多夫（Otto Ohlendorf）、第七局的弗朗茨·西克斯（Franz Six），以及第五局的阿图尔·内贝（Arthur Nebe）。这实际上是个独立机构，其合法性源于小胡子的个人特权，供职其中的并非传统意义上经合法培训的公务员，而是意识形态坚定的呐粹分子。这种安排的关键在于将警察部门政治化，它的许多高级官员——包括米勒——都是职业警察而非狂热的呐粹分子。因为不受传统行政体制的束缚，任何一个海德里希认为有必要积极干预的领域帝国保安总局都会插手，而首当其冲的便是占领波兰后的种族秩序重建。
现在，这一切进展得非常快。
1939年9月8日，有报告说，海德里希声称“我们保护普通群众，但贵族、波兰人和猶太人必须要铲除”，这表现出了他的不耐烦，他也确实沉不住气了，觉得正规军事法庭的死刑判处率过低——在这个时候每天才200例。陆军参谋总长弗朗茨·哈尔德（Franz Halder）相信“管理人和戈林的目标是彻底铲除波兰人”。
1939年9月19日，哈尔德记下了海德里希的话，说会有一场“对猶太人、知识分子、教士和贵族的清洗”。6万名波兰专家和知识分子的名字在战前就上了黑名单，他们都将被杀害。瓦尔特·冯·布劳希奇（Walther von Brauchitsch）和小胡子在10月18日的会谈证实，该举措旨在“防止波兰知识阶层自身建立起新的统治阶层，把生活水平维持在低下的状态，确保廉价奴工的供应，将所有异己分子逐出德意志领土，彻底瓦解波兰”。海德里希告诉他的部下说，小胡子已经下令，将波兰的猶太人连同具有专业技能和受过良好教育的波兰人一并放逐到总督府，把政治统治者关进集中营。
海德里希根据占领奥地利和捷克斯洛伐克的经验，并按照小胡子的明确指示，组织了5个特别行动队（Einsatzgruppen，简称“别动队”），之后又增加到7个。这些特遣部队跟随军队进入了波兰，负责实施第三帝国的思想政策。其领头人由海德里希创建的特别行政部门任命，该部门则由维尔纳·贝斯特统管。贝斯特任命的各特别行动队及其下属分队的管理人均是保安部门和秘密警察中的高级官员，大多是受过良好教育的中产阶级，年龄在35岁至40岁之间，在魏玛共和国时期转为极右派。
许多年龄更长、职位更高的指挥官都曾于20世纪20年代早期在自由军团（Free Corps）的极端准军事组织中服役。他们年轻的下属在30年代初期念大学时，就经常被灌输极端民族主义、极右翼反犹主义的政治理念。尽管并非人人如此，但大部分人要么是1919～1921年上西里西亚冲突中的准军事组织成员，要么是和平协议强迫割让给波兰那部分地区的本地人，或者是德波边境的警官，反波兰的暴力情绪根植于他们的脑中。贝斯特希望他的官员不仅仅是资历高、经验丰富和高效的行政官，还要有这样或那样的军事经历。
从很多方面来看，布鲁诺·施特雷肯巴赫（Bruno Streckenbach）就是其中的一个典型。他是党卫队的统帅（Gruppenführer），1902年出生于汉堡（Hamburg），父亲是海关官员。一战时他因太年轻而无法参战，1919年，他加入了自由军团，直到参加1920年3月的卡普政变（Kapp putsch），他还曾在汉堡参与了反对左翼革命分子的斗争。在20世纪20年代经历了各种行政工作后，施特雷肯巴赫于1930年加入了呐粹，1931年加入了党卫队。1933年11月他成为党卫队保安处的一名官员，随后青云直上，屡屡晋升，1936年成为汉堡州警的首长，在任期间素以残忍而闻名。随后由人引荐给了贝斯特，于1939年被任命为波兰第一别动队的队长。施特雷肯巴赫不同寻常，主要是因为他缺少相对的教育背景，而他的许多下属官员都拥有博士学位。不过，像他们一样，施特雷肯巴赫也曾是一名狂热的极右主义拥护者。
别动队总人数大约是2700人，施特雷肯巴赫与队员一起负责建立起德占区的政治经济安全。这不仅包括除掉“波兰人口当中的统治阶层”，还包括“打击敌人领土内所有与帝国或德意志民族敌对的后方因素”。实际操作中，这让别动队有了相当大的自由发挥空间。别动队听从军队的正式调遣，军队奉令按照战况进展的需要援助他们。在别动队对付间谍活动、抵抗运动、党派团体以及类似情形时，这是合乎情理的，但是在实际情况中，他们则像党卫队开展大规模逮捕、放逐和谋杀活动那样，更多的是按照自己的方式行事。
别动队手中有一批波兰人的名单，这些人在一战后国际联盟的全民公投造成的动乱期间，或多或少地反对过德国在西里西亚的统治。波兰政客、主要的天主教徒和波兰国家主权的拥护者都被单独列出来，准备逮捕。1939年9月9日，呐粹法官兼帝国司法部国务秘书罗兰·弗赖斯勒（Roland Freisler）到达布龙贝格，在特殊法庭中进行了一系列形式上的公审，截至年底，该法庭判处100人死刑。