从十月望日出发，穿郡过县，途经砀郡、颍川郡，进入函谷关，就到了关中。从函谷关到咸阳还有近五百里。这两个月来，除了大雨、大雪天可以暂停一两天外，每天都要顶着寒风在大路上行走，就算生了病也不许停下来。大家都知道，如果错过了驿站，误了时日，他们无处安身不说，还要再接受处罚。刑徒并非用绳索捆绑着行走，就是正常而行。他们穿着特定的褐色衣服，剃去了胡子和头发，这种装束就昭示着他们的身份；他们如果离开刘季，就成了流动的奖金，任何人只要抓住他们，就能到官府去领赏，至少能晋一爵。更何况刑徒们的家属都留在原籍，这让他们不敢生起逃亡的念头，否则他们的家属都会跟着倒霉。
腊月中，刘季押送着刑徒到达咸阳，交割了刑徒，完成了差事。
整个咸阳已经成了一个巨大的工地。北边，皇帝要修一条直道，从云阳起，直达九原。九原是赵国长城的一个重要军事据点，现在则是蒙恬的帅帐所在，是防御河南地北边重镇；在它的周围，皇帝设立了九原郡。
九原郡孤悬北方，与周围的郡都相距较远，一旦作战，支援不便。皇帝遂下令在九原和咸阳之间，按驰道的规格修筑一条道路，能并行通过十乘马车。皇帝要求这条道路以平直为主，不要有拐弯处，以方便物资和人员的运输。咸阳一端则通到云阳县。
营建直道的主要人力来源于云阳县。云阳县原来只是咸阳城边一座小县，最早还是义渠人生活的场所。义渠入秦后，秦人开始逐渐开发了原义渠人居住的山地，新建了一系列的县，云阳就是其中之一。现在，云阳承担了向北方军事重镇九原运送补给、兵力支援的战略任务，皇帝下令向云阳迁移黔首五万户，免除他们十年的赋税。
在渭水以南，丰、镐之间，皇帝开始营建新的宫殿，其范围从渭水直达南边的秦岭山麓。第一阶段先修造前殿阿房，东西五百步，南北五十丈。阿房宫的旁边还要修建阁道，从宫殿一直修到秦岭山下。预计用工七十万，刘季送来的人就是修建阿房宫的刑徒。
咸阳东面的丽山，是秦国祖陵所在，父亲庄襄王和太爷爷昭襄王的陵墓都在那里。皇帝自己的陵墓也在那里。按照惯例，新王登基后，他的陵墓也要同步修建。所以这座秦王陵到今天已经修了三十五年了。但皇帝认为，以前以秦王的规格所修建的陵墓不符合自己现在的身份，他要修建一座亘古未有的大规模陵墓，以匹配自己一统四海的丰功伟业。他亲自审定了新陵墓的修建方案，并于今年开始扩建。为了扩建陵墓，他在丽山脚下设立了丽邑，集中了三万户邑民，专门为皇帝修建陵墓。这些人多数不是刑徒，而是各地技艺高超的工匠。丽邑的邑民也被免除了十年赋税。
为了修建陵墓和宫殿，南方蜀地、楚地的高大木材被源源运到这里。
除了关中外，皇帝还准备在关外也修建宫殿，以备自己巡游时临时居住。他派人各处勘察修建宫殿的地址，只等腾出人力就开始修建。
最后，他还在东海朐山上设立了一个石柱，象征着秦国的东门。当时朐山就在海边，距海岸线一百多步；而今天海岸线已经向东扩展了数十里，朐山上已经几乎望不到海了。
刘季在咸阳停留了几天才返回。在留居咸阳的日子里，他遇上一次皇帝的巡查。望着皇帝端立于车上，周围武士拥挤，旌旗招展，四面人皆伏拜于地，刘季感慨道：“嗟乎，大丈夫当如是也！”
刘季羡慕皇帝，殊不知皇帝也有烦心事。他面对众多的女人，仍然感到力不从心，自六国一统之后，已经好几年了，后宫的女人再也没有怀孕的，他再也没有生下任何子女。他让他很沮丧，甚至暗暗自卑。他找来一批又一批方士，派他们上昆仑，下东海，寻找仙人，求取仙方。可惜，几年过去了，依然一无所获。
那位到海里求得了图录的修道者卢生，也常常被皇帝派出海去寻求方药。皇帝指责他劳而无功，他对皇帝道，神仙所居之所都避讳凡人，而“人主所居而人臣知之，则害于神。今上治天下，未能恬倓。愿上所居宫毋令人知，然后不死之药殆可得也。”
皇帝于是将咸阳周围的现有宫殿都以甬道相连，下朝后，皇帝就从甬道前往各宫去住。这些宫殿中只有女人，没有任何官员。皇帝还严令，有谁泄露他的行处者，一律处死。从此，下朝后众官员再也找不到皇帝了，想向他请示都不可能。每天的政务都在上朝时完成，地点只限于咸阳宫。
有一天，皇帝下朝后到了梁山宫，登高而望，见丞相李斯前后护卫的车骑很多，皇帝微微摇了摇头，叹息了数声。第二天，李斯就降低了他的出行规格，减少了随行的车骑。这件事引得皇帝大怒，他质问当时随行的人，谁泄露了他的意见。没有人敢回答。于是皇帝将那一天随行的宦官、女人全都杀掉。
这一暴行，连修仙的侯生、卢生也看不下去了。他们商量说：“始皇为人，天性刚戾自用。专任狱吏，博士虽七十人，特备员弗用。天下畏罪，莫敢尽忠。上不闻过而日骄，下慑伏谩欺以取容。候星气者至三百人，畏忌讳谀，不敢端言其过。天下之事无小大皆决于上，上至以衡石量书，日夜有呈，不中呈不得休息。贪于权势至如此，未可为求仙药。”悄悄地逃走了。
这几名方士的逃亡，益发引起皇帝的怒火：“卢生等吾尊赐之甚厚，今乃诽谤我，以重吾不德也。诸生在咸阳者，吾使人廉问，或为妖言以乱黔首。”
他下令御史，将那些妄议朝政的书生都给抓起来。那些书生们相互揭发，一共抓到了四百六十馀人，全都将他们活埋。并号令天下，凡有再敢议论朝政者，就是这个下场。还有更多的人被抓后没有杀，而是发配到边境服役。
长子扶苏劝他道：“天下初定，远方黔首未集，诸生皆诵法孔子，今上皆重法绳之，臣恐天下不安。唯上察之。”于是扶苏也被发配到北边的上郡，去给蒙恬当监军。
不得妄议朝政，是秦国自商鞅变法以来的传统。皇帝以这一传统为理由，诛杀了大批书生，虽然按后世的观点看可能是过分的，但在当时的法律环境下也无可厚非。不过，皇帝究竟是真的为此而杀人，还是以此为借口，发泄他的焦虑，则还是可疑的。自从统一六国后，治理如此庞大的地域，对皇帝来说绝对是一个不轻松的任务。秦国长期以来，以耕战为本，要求百姓要么从事农业生产，要么就出去打仗。天下一统后，仗是没得打了，民众只剩下惟一的任务就是耕地。这直接造成了秦国的统治危机。
失去了战争，民众就失去了惟一可以改变身份，向上层流动的通道，这对民心士气的打击是巨大的。毕竟没有人愿意在一个毫无希望的环境下生活，总是希望能够向上流动。更为严重的是，秦国历来就有尚武的传统，来时积攒的那些负面情绪在战场上可以得到彻底的宣泄。失去了战争，大家一时间似乎都不知道该怎么生活了。
有限的资源造成巨大的人口压力，巨大的人口也造成了巨大的精神压力。这些压力在战争频仍的时代都是不存在的。
还有就是庞大的刑徒人口。
秦法严苛，民众往往犯了小错就会受到严厉的惩处；而连坐制度又扩大了刑徒的来源。在战争年代，刑徒就是兵源，庞大的刑徒就是取之不尽的兵源，刑徒们走上战场，能够洗涮自己的罪责，重新回到社会中。现在战争没有了，刑徒要怎么才能摆脱自己的刑徒身份呢？还是要当一辈子刑徒，妻儿都受到牵连？
不安的情绪在整个社会蔓延着，并指向了这个体制本身。
这种情绪也带到了朝廷内，并影响到皇帝本人。在秦国的体制下，皇帝是解决问题的最终方案，但这一问题偏偏难以解决，甚至是在秦法的框架下无法解决的。分析、判断、解决这些问题不仅超出了皇帝的认识能力，甚至也超出了当时所有人的认知能力。皇帝没有解决方案，大臣们也提不出有针对性的建议，那些博士们只知道从古书中寻找答案，提出一些空洞无物的意见，完全无法解决实际问题。皇帝感到焦虑、无力、挫败，从而变得急躁易怒，是完全可以想见的。
问题无法得到解决，那就解决提出问题的人。皇帝冲动之下，把批评朝政的人一股脑地给杀了，希望以此稳定朝政，为自己寻找解决办法赢得时机，这也是政治上常用的手段。