正当拿破仑踌躇满志地赶往意大利时，意大利军团的处境却十分险恶，它的部队一部分是排成梯队部署在靠近海岸的狭长地带——从萨沃纳到洛阿诺，然后到尼斯；另一部分则是部署在内地，直到腾达山隘——总兵力只有4.2万人；而奥、撒盟军的兵力，则有5.2万人之众。
奥、撒盟军在阿尔卑斯山滨海支脉的北坡和亚平宁山脉的北坡占有坚固的阵地，控制了这一大片环形地带的内缘，亦即更短的孤形线，因此奥、撒盟军有可能迅速集中兵力，把部署更为分散的法军赶到海岸边上，使法军遭受英国军舰炮火的袭击。
部队装备甚劣，衣着更差，而且根本没有发晌。舍雷尔的辞职使意大利军团的官兵甚为震惊。士兵们纷纷猜测谁会成为他们的新司令。在过去二年里，他们的司令换了一个又一个，既老迈年高又不很胜任：
先是迪戈米埃，然后是迪莫宾，接着是舍雷尔，其后是克勒曼，接着又是舍雷尔。因此，人们都期望有一位年轻有为，精力充沛的人来当司令。
马塞纳时年37岁，而且是一位杰出的战场领袖，似乎是当然人选。但是，督政府却另有考虑，因为在他们面前正好有一位年仅26岁，才华焕发的青年军官，在攻克土伦时曾扮演过主角。在保卫杜伊勒里宫时，正是他使用大炮才使督政府的这一帮人得以继续掌权。
何况在过去几个月里他一直在精心制定入侵皮埃蒙特的计划，现在是让他去负责执行这些计划的时候了。2月27日，这位青年军官被告之他即将接替舍雷尔的职务。3月2日，他正式被任命为意大利军团司令。
督政府在1795年10月取代国民公会后不久，曾考虑过入侵意大利的问题。五位督政官中，有两位是旧皇家陆军的军官，即巴拉斯和卡尔诺。后者担任过“测绘局”局长，曾对入侵问题作过深入的研究，督政府在任命拿破仑为新司令的当天，草拟了一份“对意大利军团司令的指示”，并于4日后交给了拿破仑。它无疑是以拿破仑原来拟定的那个计划为基础的。
3月2日的指示含有下述重要内容：仅攻击皮埃蒙特并不能达到督政府所确定的目标，即把奥地利人赶出意大利，尽快赢得光荣而持久的和平。⋯⋯督政府认为尤其必须发动进攻战役把矛头主要指向意大利境内的奥军。
因此，在意大利内的法军，如果在军事行动一开始就设法击败皮埃蒙特人，那末在其后的战役中就不会有后顾之忧⋯⋯我们必须全力以赴地把敌人赶过波河，然后在米兰方向最大限度地集中力量。不过必须在我军攻占切瓦后方能行动⋯⋯拿下切瓦后，军团司令应迅即用可以获得的皮埃蒙特的资源补给军队。然后再挥师直指奥军，将其一举赶过波河并解决己方渡河的手段问题，⋯⋯督政府坚决认为，意大利军团应在敌国补给而且也必须靠敌国补给，它的一切需要都应最大限度地取自敌国的资源。必须大量地向占领地人民征收特别税，其中一半用以维持部队的各项开支，另一半用以支付部队的薪饷。
该指示简明扼要，新司令可以全权处理前进路线和战术方面问题，仅提请他注意主要战略目标的先后次序，即先夺取切瓦要点，迫使皮埃蒙特人退出战争；然后补给军队，而把奥军赶过波河；最后进军米兰。该指示没有提最终目标也许是明智的。
上任伊始的拿破仑，所做的首要的一件事是建立一个精干的参谋班子。他物色的参谋长是无可非议的。事实证明，正是他自己的领导能力和贝尔蒂埃（1754—1814）孜孜不倦一丝不苟的工作相结合，他才可能在其后的18年中取得一个接一个的胜利。贝尔蒂埃时年42岁，早年受过地图绘制员的训练，当他还是一名年轻军官时，曾在北美独立战争中当过罗尚博的参谋。
在与拿破仑共事前，他是克勒曼的参谋长，因此对于阿尔卑斯山滨海地区的地理，他与拿破仑本人一样熟悉。贝尔蒂埃的军人素质仅限于处理参谋业务，在这方面他是举世无双的。拿破仑后来曾对他的能力和缺点作过这样的评述：
他工作非常积极，每次司令官实地勘察和外出巡视他都陪侍左右，而又从不延误自己的公务。他缺乏决断能力，所以不适合当指挥官，但他却具有一个优秀参谋长的一切素质。他是一个很会识图的人，通晓一切侦察手段，总是亲自发布命令，对于极为复杂的部队调动他能指挥裕如，有条不紊。
对于一位无须提示就能果断决策的指挥官来说，贝尔蒂埃的确是一个理想的参谋长。直到最后一战前夕他在历次战役中始终忠诚地为其主人效劳。
说也奇怪，他在滑铁卢战役之前却背弃了拿破仑。结果证明，他不在场是灾难性的。
除了贝尔蒂埃以外，拿破仑还带了两位青年炮兵军官作自己的助手，这就是他在土伦战役时物色的马尔蒙上尉和朱诺上尉。此外，还有在葡月事件中飞骑取炮帮他平定叛乱的那位颇有锐气的骑兵军官缪拉中校。最后还有他从奥松时起就一直亲自培养的小弟路易。路易时年18岁。
拿破仑知道自己方面军队的情况很坏，战斗尚未开始，而士兵们却都似病人般地疲惫衰弱，长时间的断油断肉和粮食不能充足供给，使士兵们一脸青黄；军资馈乏，许多士兵衣不蔽体，不挡寒暑；纪律松懈，自由散漫，酗酒闹事天天发生，军官们很看不起这位貌不惊人的新任司令官，加上拿破仑的年青阅浅，更使上层军官不服气。
而敌方则是有备无患。占尽天时地利之优势。敌方首先在地理位置上占有优势。如皮埃蒙特，它与法国毗邻，三面被阿尔卑斯山相围，常年冰雪覆盖，且敌方为了防止法国人的入侵，在境内修筑了大量的战壕、碉堡、工事。其次在后方配给上，粮食充盈，官兵温饱不成问题，而且贮备了大量的武器弹药。再有就是敌方兵力较法方多。
在皮埃蒙特，驻扎了撒丁王国的精良部队和奥地利的强有力的久经沙场的远征军。他们组成的反法联军在兵力上有近9万人，军械上有威力强大的炮兵和铁骑兵。更主要的是敌方已意识到了法国进攻意大利的企图，他们团结一心，自认是固若金汤，坚不可摧。整体的凝聚力与向心力是对法国军队的最大威胁。
拿破仑决定开始整顿自己军队的军风军纪，并首先从军官开始。一天晚上，拿破仑站在皮埃蒙特地区地形图前，正在与马塞纳、奥热罗、
拉哈普几位将军讨论作战方案。拿破仑身披军擎，首先言道：
“我们现在仅有的不到4万的军力布署不当，而且分散太广，如果南面受到英国舰队的袭击，或北面遭到奥地利和撤丁人的攻击，后果将不堪设想。所以，我们目前不能再有迟疑，必须趁敌方还在没有想到我们发动进攻的时刻，由北进入意大利。打他们一个措手不及，大家觉得怎么样。”
“我同意。“马塞纳首先回答道。
“我也同意……”其他的人也随声赞同道。
几位将军对拿破仑的话，几乎完全赞同认可，但对这位初出茅庐的年轻人的不可置疑的语气却很是反感，他们实在不认为这个通过“葡月政变”跃上首席的长官有多大的道力。
沉默了几分钟后，憨直可掬的奥热罗将军站起魁梧的身子，颇使人们意外地间了拿破仑一个问题：“拿破仑将军，您是否身体有恙？怎么在房间里也不肯脱帽哪？”
拿破仑的思绪仍停留在战役的设计中，不承想奥热罗提出了这么一个不相关的问题，他不禁一时语塞，没有反应过来。当他看到奥热罗脸上挂着的调侃的笑意时，猛然感到他是在借自己的身材矮小来笑话自己，他立时涨红了脸，大步地踱到了奥热罗面前。
突然，房外一阵哗然，惊扰了几位将军。
“来人啊。”
“将军，什么事？”一位副官走进来回到道。
“这门外怎么这么吵啊？”
“报告将军，门外一位中尉带着几位士兵，来向司令官伸冤的。”
“噢？伸冤的？叫他们进来。”
“是将军。”
原来，这位中尉手下的几位士兵，在毫无防备时，被另一部分士兵哄抢走了不少钱物，而且被殴打不轻，中尉及时止住自己手下人的伺机报仇行为，来向司令官讨公道。
拿破仑听完汇报，联想到士兵们平时的游匪习惯，又看了看那抹仍挂在奥热罗脸上的讥笑，他意识到这是一个机会。
拿破仑一拍桌子，大声道：“这帮混蛋，眼里到底还有没有军纪了，朱诺，马上给我查清抢劫行动中的士兵名单，一经证实，马上按军法论处，并且不论出身贵族还是百姓一律不准讲情，一视同仁，严惩不贷。中尉，你做得很不错，能及时来找我处理事情，这说明你眼里还有军纪，对于你的行为，给予嘉奖，并提升为上尉，以示全军。”
“多谢总司令提拔。”来访的中尉显得有些受宠若惊回答道。
“好了，下去吧。”
“是，总司令。”中尉很快退了出去。
军中此类事情，过去也常有发生过，但均没有引起重视，没有给过如此处置。当副官出门执行命令后，属内的几位将军都不禁脸色大变，开始感到这位小个子军官有点不平凡。
拿破仑转身又走到奥热罗面前，脱下帽子，笑着对奥热罗道：“将军，看上去您是不是比我高出一头？”拿破仑突然笑意一收，严厉地道：“如果在战斗中您也因此而感到我矮您一头，我会砍掉您的脑袋马上消除这个差别！”
奥热罗脸色大变，“卟嗵”一声坐在了椅子上，仰视着拿破仑，颤声道：“拿破仑将军，我们很尊重您，同时也绝对服从于您。”
经过拿破仑的一系列整顿军风军纪，军队立时变了样，几位将军也暗自折服敬畏起这位说到做到的小将军了。但拿破仑深知只严而不宽也不能统帅部队，所以，他在战前深入部队，视察演讲，调动士兵的民族优越感，号召他们保卫共和国，打击外国入侵者。
在一次讲演中他曾讲道：“士兵们！你们忍饥挨饿，远离家乡，政府有负各位很多。在这里你们经受了严寒和饥饿的考验，但政府并没有嘉奖你们。
现在我将带你们到美丽富饶的意大利去，那里有繁华的人流，有闪光的珠玉，有丰盛的晚宴，你们在那里将获得你们所需要的荣誉与财富。你们的意志是坚强的，但你们为共和国而战的决心是坚定的吗？”
“是！”无数士兵被拿破仑极具挑战的话语打动了，一时，欢呼声响彻云霄。
如果是在两年以前，任何一个法国司令官用这样赤裸的办法来博取士兵效忠，那就会立即被押上断头台去。但是，从罗伯斯庇尔的雅各宾专政结束以来，已经发生了很大的变化；斯巴达式的严刑峻法已经不复存在。在过去，人们对于个人的超群出众的威望，存有一种近乎疯狂的戒心；现在，却骤然趋于走向其反面，这就使得这位具有出类拔革的才干的人物，不久之后得以上升到法兰西的绝对主宰者的地位。
拿破仑的举止行动，在官兵的心目中都留下了深刻的印象。他的充沛精力和干净利落的命令，赢得了马塞纳的敬佩。在他那闪烁着卓越智力的目光下，身材魁梧而又趾高气扬的奥热罗，也不免有些畏缩了。