当年左宗棠与李鸿章为海防重要还是塞防重要争论不休的时候，在朝廷中枢，支持左宗棠观点的只有文祥。正是因为文祥的力排众议，才有了后来的左宗棠大军进军新疆，北疆这才得以重回祖国怀抱。然而，文祥认为，清军收复乌鲁木齐以后，就应该停止进军，划地自守。这与左宗棠的想法有着重大分歧。左宗棠认为，只有收复新疆全境，西北才能安宁，才算大功告成。但在当时，由于反对进军新疆的人太多，左宗棠只得采取迂回的办法，暂时迁就，同意文祥只占据乌鲁木齐的方略，以换取更多人对收复新疆的支持。
现在，不光是乌鲁木齐，整个北疆除了俄国占据的伊犁外，都已经收复。事实证明，文祥高估了阿古柏侵略军的实力，而左宗棠一直主张的收复新疆全境，是完全有可能实现的。在这种情形下，左宗棠开始着手准备进军南疆的事宜。
不出左宗棠所料，他的进军南疆的主张遭到了以李鸿章为首的妥协派的反对，以及英国侵略者的干涉。
得知清军收复北疆，即将进军南疆后，英国人大为惶恐。他们很清楚阿古柏侵略军的实力，深知一旦清军南下，阿古柏侵略军就将灰飞烟灭。如此一来，英国利用阿古柏侵略军，向新疆渗透的企图，就不可能实现了。阻止清军南下，维护英国在新疆的既得利益并扩大之，这是英国外交家们的重要任务。
当时，英国驻华公使威妥玛在与李鸿章交涉云南马嘉理案。早已丧失民族自信心的李鸿章秉承清廷意旨，一味妥协。几番交涉下来，威妥玛算是彻底看清楚李鸿章的为人了，这人的眼中只有四个字，那就是“息事宁人”。这样的敌国外交家，威妥玛最喜欢了。
在交涉马嘉理案之余，威妥玛向李鸿章提出了一个解决南疆问题的方案，那就是保存阿古柏伪政权，作为中国的附属国。为了迫使李鸿章接受他的方案，威妥玛还吓唬李鸿章说：“贵国用兵日久，俄国人可能会乘机来取新疆，这不仅会危及到印度，对贵国的边界也将很不利。”
按说，李鸿章应该坚决拒绝这一分裂中国的方案，然而，习惯了卑躬屈膝的他却对这一方案非常感兴趣，将其报告给总理衙门。
李鸿章说：“阿古柏畏惧我军南下，灭亡其‘国’，所以恳求印度大臣代为嘱咐威妥玛探询中国的意图，能否保存阿古柏伪政权，作为中国的附属国，隶属版图，但是不必朝贡，以免中国军队劳师远征，浪费粮饷。之前，阿古柏畏惧俄国的逼迫，与印度缔约，所以印度大臣愿意代为嘱咐。威妥玛说，阿古柏不相信左帅，宁愿采取这种秘密迂回的方式向中国乞降，也不愿直接和左帅交涉。所以，这件事情如果可以施行的话，应该令阿古柏派使臣直接来京商谈。”
总理衙门大臣奕䜣对南疆的事情看得很透彻，他一眼就看出这是侵略军头子阿古柏的缓兵之计。阿古柏这么做的目的很明显，那就是迟缓清军南下，争取时间加强防守。于是，他命李鸿章答复威妥玛说：“阿古柏是侵略者，所以他的伪政权是中国的敌国，而不是属国。如果阿古柏诚心投降的话，那就应该主动让出南八城以及吐鲁番地区，向前线的清军将领投降。”
奕䜣虽然不相信侵略军头子阿古柏会主动投降，但也还对此事抱有一丝希望。他行文给左宗棠，告诉他英国人代阿古柏请降一事，并且说如果阿古柏方面真有人前来洽谈投降事宜，应该以礼相待。
看到李鸿章一如既往地在背后捣乱，而总理衙门也对此事抱有幻想，左宗棠很气愤。为了坚定总理衙门收复新疆全境的决心，左宗棠不得不提起笔来，一一驳斥威妥玛的谬论。
左宗棠说：“阿古柏是穷凶极恶的侵略者，占据我国新疆的南八城、吐鲁番以及乌鲁木齐地区，这是各国都承认的事实。威妥玛作为英国驻华公使，连这个都不知道，还替他请降，真是可笑！再说了，既然请降，那就应该主动献出整个南疆。不这样做，却说什么保存伪政权，隶属版图，不必朝贡，这是投降吗？”
左宗棠继续反驳说：“至于威妥玛所说的俄国会乘虚而入，那更是一派胡言！俄国在伊犁的驻军只有一千，毫无动兵的迹象。俄国和阿古柏伪政权关系极差。近来，俄国人经常越过边境，到阿古柏统治地区抢闹，迫使阿古柏留兵驻守。从这些情况看起来，俄国人绝不会乘虚而入，或支持阿古柏伪政权对抗我军。”
为了进一步坚定总理衙门收复南疆的决心，左宗棠还说：“侵略军头子阿古柏将其主力布置在了天山脚下的达坂、托克逊、吐鲁番三城。大军南下，在这三座城市必有一番恶战。这三城得手后，阿古柏差不多就完蛋了。以后南八城的收复，将变得非常容易。只要粮饷、军火供应及时，收复南疆指日可待，完全无需英国人代为操心。”
左宗棠又担心阿古柏乞降这件事传播开去，会动摇军心，又特地指示前敌总指挥刘锦棠说：“阿古柏及其党羽霸占我国南疆十数年，是我军必须坚决彻底予以消灭的敌人。李鸿章办理马嘉理案，处处妥协，丢尽了国家的脸面，幸而我军顺利收复北疆，迫使英国人来京为阿古柏乞降，算是挽回了些颜面。我准备在明年春天进军南疆。一旦南疆军事顺利，英国人的阴谋也就不攻自破了。”
奕䜣收到左宗棠的回复后，不再对阿古柏投降一事抱有幻想，决心全力支援左宗棠收复南疆。阿古柏以及威妥玛等人的阴谋宣告失败。同时，刘锦棠也一再告诫士兵们，不可被北疆作战的胜利冲昏头脑，必须保持高昂的斗志迎接即将到来的南疆作战。
在进攻达坂、托克逊、吐鲁番的时间以及军队的使用等问题上，左宗棠又和刘锦棠产生了严重的分歧。
攻克玛纳斯南城后，刘锦棠主张立即挥师南进，攻打达坂。左宗棠不同意这种做法，予以制止。他对刘锦棠说：“古城一带的粮食，必须等到腊月才能运足，然后抽出车骡、骆驼交给张曜运粮至前沿据点。巴里坤、古城之间经常发生劫粮的案件，运道两旁的山谷中常常有土匪活动，必须先予以肃清。这些都需要时间。塞外天气严寒，到处结冰，不适合行军。你大病初愈，不宜远征。你的部下征战数月，也需要休整。为了巩固后路，养精蓄锐，使湘军、嵩武军、蜀军能够分进合击，我认为最佳的进军时间应该是在明年春夏之交。”
刘锦棠经过缜密思考，觉得左宗棠的规划是有道理的。于是，进军南疆的时间也就确定了，那就是1877年的春夏之交。
当初，刘锦棠与金顺联手攻下乌鲁木齐。刘锦棠所部各营封存敌军粮食一百余万斤，后来得到赏银八万两。刘锦棠因此觉得对不住金顺。在确立进军南疆将领的时候，刘锦棠非常希望金顺能与他一起南下，共建伟业。
左宗棠不同意他的这一想法，对他说：“攻取乌鲁木齐缴获敌粮，我发给你部赏银八万两，金顺所部也发了八万两，并没有厚此薄彼。金顺所部的战斗力你是很清楚的，玛纳斯南城打了两个多月才攻下，这样的军队不能用在刀刃上。总之，我的意思是，收复南疆这一战，你打先锋，张曜居中，金顺防守后路。金顺能完成任务，也算大功一件，到时候也能和你们一起受赏。”
经过左宗棠的耐心劝解，刘锦棠最终放弃了与金顺一起南下的想法。进军南疆的将领最终确定了下来。刘锦棠所部湘军作为绝对主力，打先锋；张曜所部嵩武军为次要主力，为湘军扫清后路；其他部队配合刘、张二军的行动。
这边左宗棠积极布置进军南疆事宜，那边侵略军头子阿古柏也不闲着。虽然失去了北疆，但阿古柏的兵力损失并不大，他依旧有着足够的实力与清军最后较量一次。
阿古柏把他的主力部队几乎全部布置在了天山脚下的三座相隔不远的城市中，即达坂、托克逊与吐鲁番。这三座城市中，达坂的战略地位最为重要，是敌我双方争夺的焦点。
达坂位于乌鲁木齐通往南疆的一条隘道中间。达坂东南二百里，即著名的吐鲁番城；达坂西南百余里，即托克逊城。清军如果攻占达坂，即可高屋建瓴，控制住吐鲁番、托克逊二城，使敌军在战略上处于劣势。所以，达坂是阿古柏侵略军必须奋力保住的城池。在这里负责防守的是阿古柏的大总管爱伊德尔呼里。此人作战彪悍，是清军的劲敌。守卫达坂的敌军兵力约为五千。
托克逊的战略地位也很重要，阿古柏在这里修筑了两座坚固的城池，命第三子海古拉守卫该城。守卫托克逊的敌军兵力为五六千。三城当中，吐鲁番的防御最差劲，但也有五六千人驻守。
阿古柏的战略思想很明显，那就是以达坂、托克逊、吐鲁番三城构成一个三角防御体系。无论清军攻击哪个城市，其他两个城市的军队都可以前来支援，合力将清军击溃。
然而，阿古柏的这一看似完美的战略计划注定是无法实现的，因为他所要面对的对手，是真正的战略高手左宗棠。针对阿古柏的布置，左宗棠决定两路进兵，使达坂、托克逊、吐鲁番敌军不能互相应援。
达坂的敌军最强，攻坚的任务自然得由战斗力最强的湘军来完成。托克逊的敌军也强，也由湘军负责攻克。吐鲁番敌军较弱，张曜的嵩武军、徐占彪的蜀军联手，再加上两三营湘军，应该就能完成任务。后来的事实证明，左宗棠的这一战略布置，是相当高明的。
秋去冬来，冬去春回，时间很快就来到了1877年的4月。这时候，天山的积雪已经融化，进军南疆的时机已经成熟。于是，左宗棠命令刘锦棠率领湘军从乌鲁木齐出发，前往攻打南疆的门户达坂。
4月16日，湘军经过两天的急行军，来到距离达坂城一百余里的柴窝铺。在这里，刘锦棠留下了部分兵力，构筑工事，扼守要隘，以防止敌军切断湘军的后路。同时，刘锦棠命令湘军主力迅速往达坂推进。
这天黄昏，湘军抓住了敌军的一个暗探，据他交待，防守达坂的敌军并不知道湘军已经出发，还没有认真布置防守。刘锦棠得知这一重要消息后，如获至宝，当即命令余虎恩、董福祥等率领骑兵九营，谭上连等率领步兵四营，连夜行军，务必在凌晨前赶到达坂城，杀敌军一个措手不及。
余虎恩等人率部杀到达坂城下时，发现达坂城四周全是一片汪洋。原来，敌军为了迟滞湘军的进攻，事先将别处的湖水引来灌注城外的沼泽地，造成了这种洪水泛滥的局面。
余虎恩等骑兵将领并没有被这一意外情况所吓倒，而是果断命令士兵下马涉水前进。很快，他们就杀到城东山岗之上。敌军在这里并没有布置重兵，湘军轻而易举地占领了这一战略要地。与此同时，谭上连等率领的湘军步兵也抢占了城后的山岗。随后，黄万鹏等率领湘军骑兵的另外一部分杀到达坂城下，与余虎恩、谭上连等部紧密联系，将达坂城团团围住。这时候，天还没亮，敌军对被围毫不知情。
直到第二天上午，浓雾散尽，敌军才发现达坂城已经被团团包围。侵略军头子阿古柏的大总管爱伊德尔呼里站在城楼之上，见城下四周都成了湘军的营地，到处都是迎风飘展的湘军旌旗，当即就慌了。为了抢得先机，压一压湘军的威风，他命令士兵不计消耗地向城下的湘军猛烈射击。
由于前一天是急行军，笨重的开花大炮并不能随军迅速到达前线，所以此时的湘军，并没有攻克城池的可能。于是，刘锦棠命令士兵暂时隐伏，任凭敌军轰击。
为了督促士兵认真构筑工事，防止达坂城中的敌军逃脱，刘锦棠骑着一匹膘肥大马，冒着被敌军击中的危险，视察各营。这一情景恰好被城上的敌军看到，他们找来一位枪法极准的射手，妄图击毙刘锦棠。还好，刘锦棠福大命大，射手的子弹只是击中了他的坐骑，没有伤到他本人。
刘锦棠的亲兵看到这一场景，都吓出了一身冷汗。他们对刘锦棠说：“大帅，这里太危险了，我们还是回去吧。”
刘锦棠久经沙场，这种差点丧生的情形他也经历过多次了，所以他并不害怕。他对亲兵说：“我不回去。此次攻城事关重大，如果不能聚歼敌人，将会给日后南疆的收复带来极大的障碍。敌人不就是击中了我一匹马吗？我有的是马，让他们来射击吧。”说罢，刘锦棠牵过亲兵乘坐的一匹马，迅速跨了上去，继续视察。刘锦棠的这种将生死置之度外的精神，极大了感染了湘军战士。大家都觉得应该勇猛杀敌，为主帅争光，为国家雪耻。
4月19日，谭拔萃所率领的后援军才将几尊开花大炮运至达坂城下。刘锦棠命令士兵迅速修筑炮台，准备攻城。正在这时，从山后杀来几百名敌军的骑兵。刘锦棠估计这是敌人的增援部队，于是命令余虎恩等率领骑兵迎敌。不过片刻，敌军的援兵就被湘军击溃，落荒而逃。
余虎恩等率军追击。追出四五里路后，余虎恩发现前面又有一队敌人的援兵。正当余虎恩命令士兵准备迎战的时候，刚才那批被击溃的敌军援兵冲入新来的这一批援军队列中。新来的援军见势头不好，于是也掉头逃跑。
从抓获的俘虏那里，余虎恩得知，这两支援军是侵略军头子阿古柏的第三子海古拉从托克逊城派来的。
城内的敌军得知援兵被湘军击溃后，失去了守城的信心，都准备逃跑。城内的百姓长期遭受阿古柏侵略军迫害，得知清军即将发动总攻后，他们都知道，苦日子终于熬到头了。有几个胆大的百姓，冒着被杀的危险，溜出城去，将城内的情况告知湘军。
刘锦棠从冒着生命危险出城的百姓那里得知城内敌军即将逃跑的消息后，立即命令全军加强戒备，防止敌军逃走。
为了聚歼城内敌军，刘锦棠决定立即发起总攻，不给敌军以喘息的机会。这天夜里，他命令士兵点起火把，将达坂城四周照耀得如同白昼，使城内的敌军无处可以逃遁。
同时，刘锦棠调来炮兵，命他们用开花大炮猛烈轰击达坂城。各门大炮对准城上炮台和城墙猛烈轰击，敌军炮台接连被击毁，城墙也被轰塌多处。
忽然，一声巨响传来，如同山崩地裂一般。湘军将士虽然久经沙场，但也是头一次听到这么剧烈的响声，都吓得不轻。片刻之后，他们才弄清楚是怎么回事。原来，湘军的一枚开花炮弹正好击中了城内敌军的弹药库，因而引起了大爆炸。
大爆炸引起了熊熊烈火。当时正刮大风，于是火借风势，迅速向城内蔓延开去。敌军没了弹药，无法继续抵抗，又怕葬身火海，于是纷纷弃城逃跑。然而，湘军早已在四周布满了兵力，敌军已经无路可逃。这些作恶多端的阿古柏侵略军，最终不是返回城中毙命火海，就是成了湘军的俘虏，并没有任何人逃脱。就连阿古柏的大总管爱伊德尔呼里也被湘军抓了起来。
达坂城里的百姓对爱伊德尔呼里恨之入骨，都想亲手杀掉他。爱伊德尔呼里为了活命，对刘锦棠表示愿意回去劝说阿古柏投降。余虎恩等湘军将领都不相信爱伊德尔呼里，劝刘锦棠顺应民意，将爱伊德尔呼里明正典刑。
然而，出乎大家意料的是，刘锦棠居然相信了爱伊德尔呼里的鬼话，当即将他释放。不仅如此，刘锦棠还下令将俘虏的阿古柏侵略军将士全部释放，发给路费，让他们回去。
将领们都不知道这是刘锦棠的计策。刘锦棠之所以要这么做，是为了瓦解敌军的斗志。事实上，刘锦棠的这一招是收到了效果的。被释放的阿古柏侵略军将士，包括爱伊德尔呼里在内，回到托克逊及南八城后，大肆宣传湘军的厉害及仁慈，弄得敌军人心惶惶。
刘锦棠知道托克逊城中的敌军已经没有了多少斗志，于是命令全军迅速向托克逊进发。此时，张曜的嵩武军、徐占彪的蜀军，已经推进至吐鲁番近郊。刘锦棠按照左宗棠事先的规划，分兵六营由谭拔萃带领前往吐鲁番城外，与张曜、徐占彪等部会攻吐鲁番。
刘锦棠亲率十四营继续向托克逊进发。饱受阿古柏侵略军迫害的老百姓，冒着被杀的危险，从托克逊城中逃出来，将敌军的情况告诉刘锦棠。他们告诉刘锦棠说，托克逊城中的敌军听说湘军攻克达坂，失去斗志，准备逃窜。
刘锦棠认为事不宜迟，当即命令黄万鹏率领精锐骑兵快速前进，先行攻击托克逊，自己率大队人马随后跟进。
城内的敌军本来想不战而逃，但当他们发现黄万鹏所带骑兵并不多时，准备放手一搏，与湘军较量一番。敌军主将、阿古柏的第三子海古拉派出骑兵，将黄万鹏所部团团包围。
虽然被包围，但黄万鹏没有慌张，指挥部下纵横冲杀，杀掉不少敌军。这时候，刘锦棠率领的湘军主力部队及时杀到，分几路向敌军杀去。
敌军的包围圈很快被冲散，将士毙命无数。海古拉在城楼上看到这一情景，知道大势已去，连忙下令焚烧托克逊城，然后弃城逃往南八城。湘军乘势攻占托克逊。
湘军攻克托克逊的同一天（4月26日），张曜、徐占彪、谭拔萃等率领的清军也攻克了吐鲁番。从刘锦棠大军离开乌鲁木齐的4月14日算起，至托克逊、吐鲁番同日被攻破的4月26日止，中间仅仅只有短短的十三天。新疆的归属，在这短短的十三天中，就决定了。之后的南八城作战，都只是秋风扫落叶，再无古牧地之战、达坂之战这样的大规模会战。
侵略军头子阿古柏得知达坂、托克逊、吐鲁番三城后，气急攻心，不久之后就撒手归天了。关于阿古柏的死因，有多种说法，有人说他是饮毒酒自杀，有人说他是被人毒害，也有人说他在酒后与小吏厮打导致丧命。不管他是怎么完蛋的，总归一句，这位霸占我国新疆十多年的侵略者，与我国新疆各族同胞有血海深仇的“中亚屠夫”，最终死得很惨。
上天对阿古柏的报应还远不止此。阿古柏毙命后，他的两个儿子，即次子伯克胡里与第三子海古拉，上演了一出骨肉相残的夺权惨剧。在这场争斗中，海古拉被他的哥哥伯克胡里杀害。之后，伯克胡里又将阿古柏的继承人艾克木汗驱赶至俄国。这样，伯克胡里如愿以偿，成了侵略军的新首领。
由于积极内斗，南八城的敌军没能布置起对清军有任何威胁的防线。对于左宗棠、刘锦棠来说，收复南八城的真正对手，不是阿古柏政权的残余力量，而是一直奉行妥协路线，反对收复新疆的李鸿章、郭嵩焘等人。