洛克菲勒基金会成立于1913年，在纽约注册。老洛克菲勒和老卡耐基一样，在成立基金会之前已大量捐赠多项事业。其家族更加突出，传承了几代人，仍然坚持最初的捐赠传统。关注点始终是教育、健康、民权，以及城市和农村的扶贫。其捐赠时间跨度之长、规模之大和成就之显著，可以当之无愧地执美美利坚乃至全世界慈善事业之牛耳。
老约翰·D.洛克菲勒在建立基金会之前最有名的捐助是1892年创办芝加哥大学。到1910年捐赠最后一笔钱，老洛克菲勒累计向芝加哥大学捐款3500万美元，开历史上独家对一所大学捐款之最。他拒绝了以自己的名字命名该校的要求，也不干涉其建校方针及管理，只提出“一切都要最好”，果然芝加哥大学如今已是世界级的名牌大学。另外两项重要捐助是1901年成立的洛克菲勒医学研究所和1903年建立的“教育总会”（General Board of Education）。这些举措已足见其对教育之重视。其中，“教育总会”的一大业绩是黑人教育。
与卡耐基一样，洛克菲勒为如何有效地捐款所苦，财富成为负担。他也有一位顾问和好友弗雷德里克·盖茨（Frederick Gates），劝其在生前对财富作出处理，于是在盖茨的建议下成立了“洛克菲勒基金会”，于1913年在纽约正式注册。其宗旨是“促进知识的获得和传播、预防和缓解痛苦、促进一切使人类进步的因素，以此来造福美利坚和各国人民，推进文明”。这一目标与卡耐基基金会相似而更广泛，立意更高，覆盖面及于全世界人民。老洛克菲勒当选为第一任会长。成立之初，正值“一战”时期，所以最初的捐赠适应当时的需要，如救济饥荒，提高军队士气、战俘的福利等等。之后重点逐渐集中，有以下一些特色：
一、医疗卫生
老洛克菲勒本人相信健康为人类福利之本，发展医学可以解决一切问题，弗雷德里克·盖茨更是一个医学迷，所以洛克菲勒基金会早期几乎全部工作都在这方面，在教育方面的特色也是发展和改善医学教育。在基金会成立之前，洛克菲勒已经有一个卫生委员会，进行美利坚南方流行的钩虫病防治工作。1913年基金会注册之后第一个重要行动就是建立国际卫生部，把卫生委员会合并进来。顾名思义，从一开始，洛克菲勒的意图就是把此项工作国际化。首个任务是把它发起的钩虫病防治和公共卫生的工作向全世界推广。
1917年，洛克菲勒任基金会董事长，会长为文森特。在他任期的10年内基金会的工作有很大成绩，其中国际卫生部是最大的重点。防治钩虫病的工作遍及六大洲62个国家，之后又发展到疟疾、伤寒的防治，取得相当大的成绩。与此同时，在美利坚和其他国家建立常设公共卫生机构，从事更加广泛的公共卫生工作。相应地又在美利坚和世界各国培训公共卫生医务人员。另一项工作是提高医学水平。卡耐基基金会资助了一项旨在改进美利坚医学教育的调查，产生了有名的【弗莱克斯纳报告】，与欧洲先进国家相比较，全面指出美利坚医学的弱点。“一战”结束后，洛克菲勒基金会在这项报告的基础上与先此成立的“教育总会”合作，在美利坚和其他国家展开改进医学教学和建立高水平的医学院的努力。约翰·霍普金斯大学医学院是这一努力在国内成功的标志，代表了当时美利坚最高的医学教育水平。而国外的工作在英、法、比、加拿大及拉美、中东和东南亚一些地区展开。
从1917年至1928年，基金会在欧、美、加为此项工作共付出4000万美元，还有1000万美元用于美利坚境内的中等医校和公共卫生。
众所周知，在中//國建立的著名的协和医学院及其附属医院就是洛克菲勒基金会这一时期在海外头等重要的项目，也是其得意杰作之一。这是单独的项目，不包括在上述项目之内。
1929年接任的会长为前芝加哥大学校长，数学物理学家梅森（Max Mason）。在他任内陆续成立了医学科学部（前身为医学教育部）、自然科学部、社会科学部和艺术人文部等。洛氏资助的项目仍然以医学科学为主，逐步扩大到其他领域。其支持的单项研究所取得的成果不计其数，一般说来都带有开创性。1928年英格兰人弗莱明在发明青霉素的研究过程中也得到洛克菲勒基金会的资助。这些成果把美利坚和世界的医疗水平向前推进一大步。1932年，洛克菲勒基金会还首先进行工业医疗（即职业病）和精神病的研究，这些学科在当时刚刚起步。洛克菲勒医学院在成立之初的短短几年中就在对流行性脑膜炎、小儿麻痹、黄热病和梅毒的研究上取得了突破性的成果，1937年，其国际卫生部宣布成功地分离出黄热病的疫苗；“二战”中在其实验室中制作出3400万份此疫苗无偿献给政府以供军队使用，在洛克菲勒病毒实验室工作的泰勒（Max Theiler）因此项成果获得诺贝尔医学和病理学奖；1939年巴西流行某种特殊的疟疾，不久就在洛氏的帮助下得到控制。1940年的重大成绩是缓解了在全世界流行的伤寒病。其他如遗传学、生物物理和生物化学，以及研究仪器的改进和发明如探测镜、X光分解仪等都是在洛克菲勒基金会支持下取得了突破性成果。洛克菲勒基金会对科学，特别是医学和农学的重视始终如一，并将这方面的科研与在世界各地的扶贫工作结合起来，此外，首创科学医疗加宣传教育的公共卫生模式，有世界性的影响，包括二十世纪三四十年代在中//國训练下乡工作的医务人员。
早期医疗卫生方面骄人的成绩使国际卫生部一度成为洛克菲勒基金会的中心而受到其他部门的诟病，认为基金会为医学科学家所掌握而忽视了其他方面的工作。随着形势的变化和人事变动，工作重点逐渐转移，但是医疗卫生始终是其关注重点之一。国际卫生部的模式及其工作项目带有榜样性质。1948年联合国卫生组织成立，逐步接管洛克菲勒基金会所从事的工作领域；1950年，联邦政府成立国家科学基金会、国家卫生研究所，其资助科研的领域和工作方式也是沿用洛克菲勒基金会的模式，甚至直接接手其项目。
1951年，洛氏基金会国际卫生部关闭，其著名的病毒研究所和人员转到耶鲁大学。在这以后，基金会通过资助世界卫生组织来实现其原来的目标，直到世纪末仍然如此。洛氏称之为“洛克菲勒—世界卫生组织互补战略”。多年来，它对世界卫生组织的计划生育、疫苗接种、避孕药的研究和热带病防治等都有所捐助。1997年世界卫生组织新主任布伦德兰上任，洛氏宣布出资250万美元建立一项全球卫生领导基金，供主任在全世界遴选各个学科的10名专家，任期1至2年；这一基金也用于“争取全球健康平等”。此项目致力于缩小发达与不发达国家的健康水平和平均寿命之间的差距，也包括缩小发达国家国内贫富人群之间的健康差距。该项目主要从三方面着手：（1）协助贫困国家建立和改进卫生体制，加强利用信息、发现问题和解决问题的能力；（2）加强宣传教育，引发公众对与健康有关的新问题的关注和政府的承诺，如环境、吸烟、艾滋病、抗药性结核病等；（3）加强对贫困人口多发病（疟疾、结核等）的药物研究和开发，并向发展中//国家转让，以补救药物价格昂贵造成的困难。
二、农业改良
饥馑问题一向是一切慈善和公益事业首要关注的问题。洛克菲勒基金会认为要根治饥馑在于改良农业，使粮食大幅度增产。继医药卫生之后，农业改良也一直是其长期的重点。在基金会成立之前，“教育总会”曾在美国南方黑人较多的贫困农村进行过玉米品种改良和农业体制改良相结合的工作，取得了很好的效果。基金会成立后，这项工作主要在第三世界进行。其做法是资助有关国家的农业改良技术研究并创建推广新成果的机制和方法。洛克菲勒基金会特别注意结合当地实际情况因地制宜，尽量利用当地的人力资源和已有的经验，以取得事半功倍的效果。几十年来这个领域相对投资较小而成绩较显著。
据说这一项目最早的启发来自1941年会长福斯迪克（Raymond B.Fosdick）与当时的美利坚的副总统华莱士的一次谈话。华莱士从墨西哥访问回来后告诉福斯迪克，如果墨西哥的玉米和大豆单位面积产量能提高10%，当地人民的生活就可以大大改善。之后，洛克菲勒基金会的董事会讨论了华莱士的提法，决定派出三名专家到墨西哥考察——一名植物病理学家、一名遗传和玉米专家、一名土壤学家，分别来自明尼苏达、哈佛和康奈尔大学。他们在墨西哥旅行了5000英里，经过广泛考察，提出一项被认为具有经典意义的报告。报告不但提出了科学技术方案，而且特别强调，不能单纯给予资助，必须积极参与规划和对援助的使用，包括现场指导，结合当地具体条件建立有效机制。1942年，墨西哥农业部正式邀请洛克菲勒基金会进行改良农业的合作。1943年，双方签订意向书：墨政府提供土地、劳力、部分实验房屋和培训费用，洛氏负担大部分运作的费用并在墨西哥城建立一个工作班子，由美利坚植物病理学家哈拉尔领//导，其余成员皆由墨政府委派。这是一项长期的合作，最高峰时有18名美国专家和100名墨西哥人同时工作。到60年代中期，20年中在这一班子中实习过的墨西哥人达700人，其中有100多人被选拔到美利坚学习并获硕士学位。60年代以后即由培养出来的墨西哥专家领//导。哈拉尔博士带领的班子坚持实地考察、示范和因地制宜的工作方法，也采用行之有效的土办法。经过多年的研究、实验和推广，在玉米和小麦的土壤和品种改良方面成绩斐然。墨西哥原来50%的小麦依靠进口，玉米也不能完全自给。在这项实验的18年中，墨西哥人口增长了60%，小麦和玉米却达到了自给，基本不需要进口。根据联合国1963年公布的数字，墨西哥在过去10年中农业年增产总量平均达7%，这与洛克菲勒基金会的大规模长期援助是分不开的。这一经验的另一可贵之处是培养了能够适应发展中//国家各种艰苦条件的专家。
洛克菲勒基金会与墨西哥合作的成果之一是建立了推广的机制，例如在墨西哥培养的专家到哥伦比亚开展工作，在哥伦比亚培养的人才又到智利从事同样的项目，形成一种链条。在资金方面，基金会给予必要的资助，但是更重要的是促使当地政府重视这项工作，使当地政府越尝到好处，越愿意多投入，同时改革其农业管理机制。继拉美洲国家之后，或同时，这种合作又推向西亚、南亚和非洲。当然由于国情不同，成功的程度也不同。其中比较著名的成功例子是南亚次大陆的“绿色革命”。洛克菲勒基金会在印//度的工作始自1956年，先派出12名专家。1958年，资助新德里的国家农业研究院成立研究生院，并派出顾问和访问教授。从一开始，此项工作即是洛克菲勒基金会与印//度中央和各省政府、各地新成立的农业大学以及印度农业研究委员会的合作项目，基本上沿用墨西哥的政府划拨土地的模式。在印度全国各地不但建立农业学校，而且建立了无数实验田。20世纪60年代在大面积推广哥伦比亚的良种玉米方面取得大幅度增产的成绩。1970年，原来曾被洛克菲勒基金会派往墨西哥的农业科学家诺曼·博洛格因在印//度进行水稻杂交成功而获诺贝尔奖。
洛克菲勒基金会另一项重要的成绩是1959年与福特基金会协议合作在菲律賓建立世界稻米研究所，包括生产、分配和成果利用。菲律賓政府拨给土地，福特为建筑出资700万美元，洛氏提供技术指导、行政管理和运作费用，每年约50万美元。这一研究所规模巨大、设备齐全，还有200英亩水灌试验田，于1962年正式开业。董事会有六个国家和地区的代表，分别来自暹罗、䒤本、印//度、菲律賓、美利坚和台岛地区。主持实验的是一名印//度专家，多数工作人员来自东南亚盛产稻米的国家和地区。现已收集世界70余国6000多种稻谷进行实验，从中选出良种，加以处理冷藏，分门别类，标明特性，供世界各国交换，之后按此模式扩大到其他国家，在全球范围内陆续建设了16个国际农业中心。
1963年在洛克菲勒基金会成立50周年的时候，确定了新的五大优先问题：征服饥馑、控制世界人口、有选择地加强发展中/国家的某些高等院校和研究机构、协助文化发展以及争取全体美利坚公民机会平等。除最后一项外，对象都是发展中/国家。20世纪90年代，它大力资助的项目有：临床流行病研究、农林技术研究（肯尼亚）、热带作物病理研究（尼日利亚）、水稻品种改良（菲律賓）等等，仅1993年一年对此类项目的拨款就近500万美元。
鉴于亚洲国家人口密集，地少人多，洛克菲勒基金会更加强调基因研究以提高单位面积产量，同时维持土地的可持续耕种。起初集中在稻种基因的生物工程研究方面，资助康奈尔大学制定稻米基因谱系向全世界产稻国家传播。这是一项长期计划，在科研取得一定成果后，把重点放在人才培养、技术转让和在亚洲国家创造将来独立继续进行这项工作的能力上。
最新的成就是发现有8种粮食作物与稻米有共同的染色体特征，所以在稻米研究方面取得的成绩也可以用于这些粮食作物。
在非洲，自1988年起，洛克菲勒基金会主要在肯尼亚、马拉维、乌干达和津巴布韦进行这一项目，但只是根据其特点，与亚洲的目标和做法都不相同，不过推广新技术、培养人才的做法则相同。
除医学和农业外，洛克菲勒基金会基金会对其他科学研究和杰出的科学家都有扶植。最突出的是后来参加制造原子弹的“曼哈顿计划”的主要科学家中，曾接受基金会资助而获得关键性成就的竟有23名之多。一些重大科研项目，如回旋加速器的研制成功，导致了后来原子分裂技术的实现，主要也是靠基金会的资助。此事后来引起基金会负责人的自省，引发了关于自然科学家对发明用途是否负责的讨论。“二战”以后，随着发展的需要，洛克菲勒基金会会对新的学科如艾滋病的防治和推广、基因工程、环境保护以及计划生育等多有关注和介入。这些问题既包括自然科学又涉及许多社会和人文领域。基金会后期多设跨学科的项目，例如遴选社会科学学者参加农业和农村发展的项目，主要在第三世界。1991年设立了一项“环境与发展领//导//者”大型综合项目，倡导一种对环境负责、文化上可以接受、社会公平、活跃经济、政治上可行的发展方式，使用跨学科的方法，建立全球网络。具体做法是在广泛的学科领域选拔在职干部进修，对可持续性管理、环境保护和在全世界运用共生生态系统做出积极贡献；并向进修毕业的人员提供职务机会，使他们得以实施创新的思想。
（三）社会科学和人文艺术
洛克菲勒基金会前期一直以医学和农业为重点，兼及其他自然科学，对社会科学不重视。对这一现象不满的工作人员称基金会“被一群医生所俘虏”，这是与弗雷德里克·盖茨的主导思想分不开的。不过早在1918年，在执行秘书格林（Jerome Green）的坚持下，还是出资成立了政府研究所，后来并入著名的布鲁金斯学会，这是基金会资助的最早的社会科学项目。当时格林提出的项目是劳资关系研究。由于正好发生了与洛克菲勒的公司有关的工潮，导致流血冲突，引起社会舆论对基金会本身的批判和怀疑，这项研究遂告流产。
洛克菲勒把人文和社会科学正式列入重点是从1936年福斯迪克任会长开始的。
福斯迪克本人是律师出身，担任会长12年，对洛克菲勒基金会的工作方向有很大影响。在经济大萧条之后，“二战”前夕，整个西方社会都有一种危机感。人们见证了在生产力突飞猛进中的经济崩溃和社会危机，以及与巨大财富并存的广大民众的极端贫困，从而意识到物质财富和科学发展不但不一定造福人类，而且可以成为灾祸，所以二三十年代是社会科学长足发展的时期。福斯迪克就属于有这种强烈意识的人。他不断强调，如果不能找出解决复杂的社会和人际关系中日益严重化的问题之道，在这个世界上医学和科学将失去意义。他大声疾呼，警告人类对自然的征服超过人类控制自己的能力的危险性。因此他主张公益事业的范围应该扩大到关注社会问题和人的关系问题和人的危险关系问题，并在其12年的任期中竭力贯彻到基金会的工作中。
在此之前，1922年老约翰·洛克菲勒为纪念亡妻劳拉，斥资7400万美元设立的劳拉·斯贝尔曼·洛克菲勒纪念基金（Laura Spellman Rockefeller Memorial Fund）已经为赞助社会科学打下基础。那是其主任拉默尔（Beardsley Ruml）的主导思想。拉默尔是学心理学专业的，他一上任就确定以社会科学为中心任务，并以极大的热忱进行。该基金存在仅7年，用于发展社会科学的拨款达4100万美元，其中最重要的建树是1923年赞助成立社会科学研究理事会（Social Science Research Council），直至21世纪该组织仍是美利坚促进社会科学各专业的发展、交流和合作最重要、最权威的机构。这项基金资助的从事社科研究的对象有布鲁金斯学会，太平洋关系学会，全国经济研究局，芝加哥大学、威斯康星大学、哈佛大学的专题项目以及耶鲁大学人际关系研究所等，此外还有欧洲许多国家的高等院校和个人的单项研究。1928年洛克菲勒基金会接管劳拉纪念基金之后，关于社会科学方面的工作连同其资助模式都一并继承下来，成立了社会科学部。这一部门首先遇到的就是1929年的股市崩溃和继之而来的大萧条。