1938年10月1日，德军跨越边境线进入捷克斯洛伐克，而装备精良的捷克军队则从山地和易守的边境据点撤退。在苏台德地区，吞并奥地利时人们欢迎德军的画面再度出现。亨莱因苏台德德意志党的支持者兴高采烈地站在街道两旁，在德军士兵走过时向他们祝贺。欢呼人群在士兵行进的道路上铺了鲜花，还抬起胳膊行呐粹礼。不过，不支持呐粹主义的人则表现出完全不同的情绪。在9月份，超过2.5万人从苏台德地区逃到捷克人占多数的地区，这些人多数是捷克人。从《慕尼黑协定》达成到1938年末，又有15万人加入了他们。这部分人之中既有来自苏台德地区的，也有其他边境地区的。在之后的几个月，又有近5万人选择逃亡。难民中包括会被纽伦堡法案算作猶太人的捷克人和德意志人；他们太清楚如果继续待下去会有什么后果。到1939年5月，苏台德地区的猶太人数量已经从2.2万下降到不超过2,000。边境地区有五分之一的捷克人选择了逃离。几乎有四分之一的苏台德德意志人反对亨莱因的政党，其中3.5万人也选择了逃亡，他们多数是德意志社民党人和德共人士。而留下来的人，他们的命运显示出逃离是一个明智的选择。在德军开进苏台德之后，盖世太保和党卫队保安处随即跟进，很快他们就抓了8000名德意志人和2000名捷克人。这些人都反对呐粹主义，其中多数被扔进了集中营，小部分关在监狱里等候正式审判。刚刚过去一个月，11月9～10日大迫害似的暴力行动就蔓延到了苏台德地区，留下来的猶太人遭遇了大规模群体暴力，财产或被洗劫一空，或被尽数毁灭。捷克斯洛伐克包括铁路工作者、邮政人员、学校和地方行政机关人员在内的5万名政府雇员都被一并解雇，以便给德意志人腾出位置。这些人也逃到了那个已经被分裂的捷克斯洛伐克共和国了。
包括波希米亚西部和北部、摩拉维亚北部以及西里西亚南部在内的以德语人口为主的地区都被并入第三帝国，称为帝国苏台德地区。波希米亚南部成为巴伐利亚的一部分，而摩拉维亚南部则划归以前的奥地利。亨莱因现在成了内政部领导下的地区行政长官，很多公务员都从第三帝国其他地区调来，填补捷克人、猶太人和左翼人士离开之后地方和地区行政留下的空缺。但苏台德地区各个层级的行政官员大多都是本地的德意志人。与处理奥地利的方法形成鲜明对比，呐粹政权小心翼翼地保护苏台德地区独特的地方认同，只是把盖世太保和党卫队（包括其保安处）交给旧帝国的人掌管。苏台德德意志人自己倒是成群结队地前去加入呐粹党和褐衫军。不过他们很快就会幻灭。长期存在的地方志愿组织和俱乐部都被解散，或者被并入柏林掌管的呐粹党组织。尽管外来者数量相当有限，但本地人对他们的仇恨很快弥漫开来。虽然失业状况迅速得到了改善，但工业工人每天不得不工作很长时间，而且报酬很低，而这在第三帝国已成常态。22%的捷克工业都在被吞并区，于是迅速被德意志第三帝国战时经济模式吸纳。德意志第三帝国的企业也快速跟进，借捷克商业和猶太人商业的德意志化以及雅利安化谋利。法本公司、卡尔蔡司耶拿光学仪器公司（Carl Zeiss Jena）与德意志第三帝国主要的银行和保险公司分了一大杯羹，当然苏台德地区的德意志第三帝国公司也捡了一些便宜。此外，留在苏台德地区的41万捷克人发现他们的语言不再是官方语言，呐粹政权还关闭了他们的中学、志愿者组织和俱乐部等。现在他们成了二等公民。
《慕尼黑协定》也对周边小国放出信号，暗示它们也能从捷克斯洛伐克这块大蛋糕中分一块。1938年9月30日，波兰军政府要求割让捷克斯洛伐克北部边境切申（Teschen）附近的一片狭长土地，那里有相当数量的波兰语人口。这时捷克人已无选择，只能同意。波兰军队于1938年10月2日正式入驻。把该区域转交给波兰军队的捷克将军告诉波兰将军，这片土地他们也享用不了太久，因为波兰肯定是德意志第三帝国的下一个目标。但是维护1919年和平协定所划边界这一原则在波兰军队狂热的民族主义面前根本算不了什么。很快被占领地区就经历了波兰化历程，和波兰国内一样开始接受威权统治。而在捷克斯洛伐克南部边疆，海军将领霍尔蒂治下的匈牙利威权政府要求一长片马尔扎（Magyar）少数族裔主导的土地。不过，匈牙利军队并没为侵略做好准备，所以匈牙利人选择了协商。这时，捷克斯洛伐克国内捷克人和斯洛伐克人之间的矛盾开始浮出水面，使得局势变得更为复杂。
在相当长的一段时间里，捷克斯洛伐克共和国内部这两个主要族群之间在经济、社会、宗教和文化方面一直存在差异。1938年10月7日，斯洛伐克政党统治层在自己的政府内部建立了一个自治区，但该自治区在名义上还从属于已经被《慕尼黑协定》分裂的捷克斯洛伐克共和国。斯洛伐克人和匈牙利人都想要南部边境那块地，最后意大利人出手干预。1938年11月2日，在征得德意志第三帝国同意之后，意呆利强加了一个解决办法。它多给了匈牙利一块面积为1.2万平方公里、居民数量超过100万（其中包括超过20万斯洛伐克人）的土地。这比匈牙利人最开始提的要求少，但已经能够满足他们。希特勒也明确表示，他不会容忍匈牙利人采取军事行动去谋求更多利益。英法完全没有参与这一系列协商，这两国的缺席已经再清楚不过地证明轴心国集团在中东欧拥有的巨大影响力。
中东欧的政府都看清了残酷的现实，它们只能尽全力去满足第三帝国的愿望。以布拉格为首都、分为三部分的新捷克斯洛伐克共和国现在由右翼政府掌权，开始镇压供党人士和社民党人。而在捷克区统治的军政府则尽全力不去冒犯现在已经将其领土包围的德意志人。拥有自治权的斯洛伐克当局在布拉迪斯拉发建立了一个**制国家，通过一个名为赫林卡卫队（Hlinka Guard）的准军事组织施政。不久，这个**制国家因暴虐而闻名。捷克斯洛伐克共和国东部还有一个刚刚创建的自治区，当时叫喀尔巴阡乌克兰（Carpatho-Ukraine），由第三帝国领事主导行政，少数族裔遭到残酷镇压，乌克兰语成了唯一的官方语言。
1938年12月7日，该地区和德意志第三帝国签订经济合作协议，协议允许德意志第三帝国控制该地矿产资源。同时，匈牙利政权加入了《防共协定》，罗马尼亚政府也向德意志第三帝国伸出橄榄枝。同时，这两个国家的政府都在急剧右转。在罗马尼亚，国王卡罗尔发动了一场针对内阁的政变。而在匈牙利、波兰和罗马尼亚，反犹主义政策正在逐渐抬头。这一切都反映出东欧小国的惊慌失措。多年以来法国在这个地区苦心经营，团结小国抵挡德意志第三帝国扩张。而《慕尼黑协定》令这多年的努力付诸东流。
不过不管西方列强怎么想，在德意志第三帝国看来，《慕尼黑协定》只代表他入侵和占领捷克斯洛伐克全境的计划暂时受挫。从战争角度考虑，占领捷克斯洛伐克剩余领土可以为入侵波兰提供跳板。波兰军政府坚拒了加入《防共协定》的提议，同时它也拒绝德意志第三帝国对但泽和波罗的海走廊——走廊将东普鲁士和第三帝国的剩余领土隔开——的领土要求。但泽以德语人口为主，他们曾经举行集会支持呐粹主义。而东普鲁士和立陶宛边境的另一个德意志战后割让给立陶宛人的城市梅梅尔（Memel）也举行了类似集会。
小胡子现在希望两个城市都回归德意志第三帝国。在与波兰政府的最后谈判破裂之后，小胡子决定增大压力。占领已经名存实亡的捷克斯洛伐克共和国剩余领土，也可以为第三帝国提供重要的经济资源。那里不仅是大批捷克军事工业所在地，有非常重要的矿产资源，还拥有工程、钢铁、纺织、玻璃等产业，有着熟练技术工人等丰富的人力资源。随着1938～1939年冬第三帝国的经济状况急速恶化，获得这些资源一下子变得充满吸引力。捷克斯洛伐克军队拥有大批先进武器装备，有助于减轻德军军备供应的压力。捷克的外汇储备也会非常有用。早在1938年10月21日，小胡子就命令军队为解决捷克斯洛伐克、占领梅梅尔及其周边地区做好准备。在1939年头两个月，他向三大拨不同的军官发表了三次不公开演讲。小胡子在演讲中重申了他对未来的展望，那就是德意志第三帝国要成为主导欧洲的强权。他认为东欧生存空间的问题必须解决，他还坚信为达成目标必须动用军事力量。
在名存实亡的捷克斯洛伐克共和国，捷克人和斯洛伐克人的关系很快就因为财政资源分配问题而迅速恶化，这为达成《慕尼黑协定》的强制妥协提供了机会。双方的争吵逐渐发展成了一场危机，捷克人误以为斯洛伐克人会宣布独立，于是1939年3月10日布拉格派出军队占领了布拉迪斯拉发。这样一来，斯洛伐克的统治者就不得不飞往柏林，和德意志第三帝国展开了一系列紧急磋商。在柏林，斯洛伐克人被告知有两种选择，要么宣布完全独立，成为第三帝国的保护国，要么让早就获得消息、已经蠢蠢欲动的匈牙利人接管自己。斯洛伐克人最终选择了前者。1939年3月14日，斯洛伐克议会宣布独立。第二天，多瑙河上的第三帝国军舰将炮筒瞄准了布拉迪斯拉发的政府大楼，于是斯洛伐克统治者非常不情愿地邀请第三帝国保护他们免遭捷克人侵略。眼见自己的国家分裂在即，捷克斯洛伐克总统埃米尔·哈查（Emil Hácha）带着自己的外交部长弗兰兹谢克·柴瓦科夫斯基（Franzisek Chvalkovsky）飞到柏林求见小胡子。和之前的舒施尼格一样，哈查被迫等到深夜（当时小胡子正在看一部流行电影）。随后，小胡子当着戈林和里宾特洛甫等一些高级文官和高级军官的面无情地羞辱了哈查和柴瓦科夫斯基。小胡子说，德军已经在行动了。当戈林加上一句，说德军战斗机已经准备在几个小时之内轰炸布拉格时，年老多病的捷克总统直接晕倒了。在被希特勒的私人医生救醒之后，哈查给布拉格打了电话，命令他的部队不要向入侵的德军开枪。1939年3月15日早晨不到4点，捷克总统签署了一份文件，同意把自己的国家变成德意志的保护国。“我会以最伟大的德意志的身份被写进历史。”谈判之后，小胡子高兴地对自己的秘书说。
早上6点德军已经跨越了德捷边境，9点抵达布拉格。这一次，沿途没有为他们撒花的人，只有部分闷闷不乐和充满怨恨的捷克人不时举起拳头表示抗议。小胡子跟呐粹高层们说过，这些都是可以预见的，我们不能指望捷克人兴高采烈。当天下午，小胡子乘火车抵达边境，然后在雪中上了一辆敞篷车，一路向布拉格奔去，在路上看到德军部队经过就向他们敬礼。他到布拉格的时候城市已经空了。捷克军队待在自己的营地里，把武器装备交给入侵的德国人。市民都待在家里。小胡子当天晚上住进了捷克主权的象征——布拉格城堡区（Hradschin Castle）。由于没人为他的到来做准备，他先在城堡中匆匆吃了一顿，然后和内政部长弗里克以及国务秘书威廉·施图克特一起商定了在捷克成立受保护国的细致条款。施图克特就是那位在吞并奥地利之后负责拟定行政管理详细草案的内政部高级官员。
1939年3月16日清晨，里宾特洛甫在布拉格电台宣读了命令。
命令要求，捷克剩下的领土从现在起要改称德意志第三帝国波希米亚和摩拉维亚保护国，这其实是恢复了两者在哈布斯堡旧王朝治下的名字。议会等民主机构被废除，但捷克政府在名义上得以保留，仍由哈查担任总统，设一名首相和一个经过任命、由50人组成的国家团结委员会。40万余名捷克国家雇员和公务员得以保留职位，但他们必须和从德意志第三帝国空降的2,000位行政官员保持合作关系，或者听命于他们。法院等其他国家机关也得以保存，但是捷克的法律只在德意志法律未涉及的事情上才有效力。德意志第三帝国的法律被扩展到保护国的所有领域，在方方面面都享有优先权。捷克人和其他族裔必须遵守这些法律，也必须听从保护国下发的法令，但是生活在保护国境内的所有德意志人（包括原本就住在那里的德意志人）都成了德意志公民，只受德意志法律管辖。关键在于，捷克人没有获得德意志公民身份。这种权利上的不平等后来会扩展和影响到更多人身上。
真正的权力掌握在帝国总督手中。小胡子就此任命的人是前外交部长康斯坦丁·冯·诺伊拉特。诺伊拉特是一个经验丰富的保守派，小胡子对他在去年9月份解决慕尼黑危机中所扮演的角色非常感激。诺伊拉特和波希米亚地区的司令官约翰内斯·布拉斯科维茨（Johannes Blaskowitz）等德军将领试图进行相对温和的统治。他们要求占领者遵纪守法，同时对捷克人保持克制态度。但没过多久，第三帝国开始摘下温和的面具。诺伊拉特在其副手即掌管保护国党卫队和警察力量的卡尔·赫尔曼·弗兰克（Karl Hermann Frank）的怂恿下变得愈发强硬。他下令逮捕了数千名供党人士，经过盖世太保审讯之后，这些人多数得到释放。他还抓了很多德意志流亡者，其中包括在德军入侵布拉格时抓获的社民党人。这些人多数都被送进了帝国境内的集中营。1939年6月8日，一名帝国警察在克拉德诺（Kladno）矿业社区被杀，随后盖世太保逮捕了社区委员会的全部成员。被捕者遭到严刑拷打，一些人因此而被打死。同时，其他六个地方的市政委员会被解散，代之以帝国的行政官员。紧接着，呐粹便颁布了更为严酷的法律，并开始鉴别搜寻保护国的猶太人，对他们施行纽伦堡法案的措施。