问题也不是没有，老式的封建军队与两人设想的热兵器作战之间，肯定存在不少的冲突、不适，甚至对立的情况，这需要通过整训进行修正、改革，甚至重塑。但也有一些则是出于两人之前的主观判断出现了偏差，也迫使两人主动去作出适应性的调整改正。
整训当中，发现自己原来的设想出现了错误的预判，或者遇到了未曾想到的问题，林林总总，也还是不少。不过，两人本就是军伍出身，也没把自己当成个圣手高人，既然错了，那就改呗！调查摸底一番，找官兵们交流探讨几次，再借鉴后世的经验，重新琢磨一套适合武锐军的办法，两人还是改正的很快的。这种虚怀若谷的姿态，反而得到了官兵们的推崇。
原以为，只要把后世军队里的队列训练，军容军资和纪律规范这些军人养成的速成办法拿出来，就可以短时间内让这支古代的军队发生翻天覆地的巨变，培养出现代军队的雏形。为此，两人的计划是用一个月的时间，在等待装备到位的空档期内，进行高强度队列训练，灌输纪律观念。
但一接手部队，他们就发现自己犯了大错。不过这个错误却让两人有些窃喜，不仅没坏事，还节省了不少的时间。
后世的军人养成，无一不是从站军姿队列开始的，两人原以为古代的军队可能没有这些相应的训练，结果发现认知上出了个大错。
宋朝因为没有强悍的马军，也为了对战北方蛮族的游牧骑兵，从立国之初就要求步兵“阵而后战”，要求部队临敌，必须排成严整的阵型与敌兵交战。因此，此时的宋军队列训练不仅有，而且还像模像样的，可能不次于后来欧洲开始施行“排队枪毙”之初时的水准。站位，移动，前进和递补轮转等，宋军都能做的有模有样的。
这是好的一方面，证明宋军当下也具备了往后世近代化军队转变的最基本要素，那就是纪律和相当的协同意识。但也不是全是好事，有一个毛病同样缘于他们的立阵而战的思维，那就是指挥信号和手段太过繁复低效了。
宋军当下还在使用鼓号、旗帜、锣镲，甚至鞭炮等手段，来给阵中的官兵传递指令，参不多是把吃席的乐队都鼓捣上场了。但每种手段能传达的信号内容极其简单，于是便有了“闻鼓而进，闻金而退”的说法。就是说，别看发布指令的手段多，但内容却出奇的少，复杂的命令还是得靠传令兵口头宣布。
真到了以热兵器为主战武器的战场，枪炮爆响，硝烟弥漫的环境中，这些手段基本全都要失效。而且这种指挥联络的方式，还占用了部队大量的战兵员额，击鼓吹号，敲锣打镲，还要大量的士兵举着各自分队的认旗，无法直接参加战斗，确实是人力上的极大浪费。
当然，这问题也好解决，只不过让齐硕到军器院里忙两天，把后世的铜军号和铁哨子给做出来，教出一帮子号兵就妥了。规定好每种号音所代表的的是什么内容，冲锋，行进，集结，停止，休息，睡眠啊什么的，军队的统一行动，都可以让不同的号音旋律来宣达，省事又明了。小小的铁哨子直接代替了锣鼓，指挥更小的分队，保证战友们之间步调一致，行动整齐。
这些联络通讯手段难度比原来那套还小，稍加训练，就完美解决了从上到下，全军到分队各层级的指挥口令传达问题。而且还把大量的士兵解放出来，直接变成了战兵，算是变相增加了部队的战斗力了。
前面提到，两人甫一到任，就提拔选人了大量的新人担任各级军官的事，是他们俩发现，宋军现在最大的问题，就是基层军官，或者是士官配备严重不足，军官教育也是接近于空白。和后来近现代军队相比，就是和当下的蒙古人相比，也存在缺额缺训的大问题。
所以说，选拔大量的基层军官，也不是完全出于两人要控制这支队伍的目的，任意任用私人。而且，就是那些被汰换那些军官，也是要保证武锐军能按照两人的计划，在短期内编练成新式军队而不得已作出的举动。全军只能保持一个中心，一个权威不能动摇，他俩可没有时间和军官们搞宫斗内耗，或者让自己去收服、适应这些军官。还不如让他们适应自己，严格遵从自己的意志见效快，也更有保证。
因此，武锐军整军的难题在于重新进行部队组织编组，规划处适应新式火器打法的新型军队。而且还要保证能让现在的这些军官，在毫无接触过火器战争的情况下，快速适应下来。
宋军还有一个不小的毛病，就是军官的主动意识太差，完全和两人的理念相差太远。长期坚持“阵而后战”的死板作战方式，长期浸润之下，基层军官严重缺乏主动精神，进退行止都严重依赖上级的明确命令才行。
随着火器作为主战兵器登上战争舞台，战争的形式和规模都将发生剧烈的变化，光是战场的广阔程度就不是现在两军立阵对冲那种范围可以局限的。长射程的火器很容易就突破人的视线范围，如果自己的下属军官没有主动精神，任何行止都要等命令，打胜仗那就被指望啦！
所以，武锐军的整训，编制重组和军官养成训练，才是重中之重。
罗承鹰在军校的学习中，就了解过近代普鲁士军队的“指挥分层有效原则”。那里面就说了，因为战场上的各种原因，一个基层军官最有效的指挥规模就在六人左右，甚至更少。多了的话，便已超出军官的控制范围，直接会造成混乱和低效。
南宋的军队是按照大军—军—将—部—队这样的层级编制组成的，大军是承担战役的单位，就比如扬州的宋军，就是御营驻扬州大军，负责遂行在淮扬地区的战役。军则是下一级，一般都由前后左右中的编号区分，兵力规模介乎于后世的旅或团。将则是后世营级的编制，用数字代替，一般五个将组成一个军。而队则是最基层的战术单位，十队组成一将，每队50人，相当于一个加强排。
部则是插入队和将之间的单位，或2、5个队组成一部，或者就没有这个中间的层级。所以说，大军的首长管5个或者更多的军，军再辖5个将，将下辖10队，并不是都处在有效的指挥分层结构当中。
特别是队这种基本的战术单位，编制中只靠正副队将和押队官三个人指挥多达50个兵卒，这就超出了他们的能力范围，经常会造成基层指挥的混乱和迟钝。
后来明朝的戚家军，就是按战斗战术要求，化大为小，将队的编制缩小到12人的鸳鸯阵，甚至还能再缩小到6人、4人的两才阵和三才阵，灵活地适应战场和战术任务。
戚家军的新式军制，和后世现代化军队的班组战术及编制非常契合，也是在充分发挥底层军官的效能的同时，极大减轻了他们的指挥负担。所以明朝时的戚家军能够吊打东亚的任何一支军队，甚至编入适当的火器部队后，即使还是以步兵为主，却能把蒙古骑兵和满洲骑兵逼入绝境。
为了节约时间，不给官兵们造成太多的不适应，罗承鹰两人还是基本保持了宋军当下编制的称呼和上下关系。首先就将原先基本的“队”编制下，设立了更小编制的“班”，队辖五班，班辖9人，设班长副班长统领。不仅如此，班下面还要分为三个组，每组三人，每组都有组长。
在队的上面，恢复了“部”的编制，三队组成一部，相当于后世一个正规步兵连的规模，四个部组成一“将”，相当于后世的营编制。这样，队的编制兵力没变，新设的部成为了成为了基本的战术单位，但一将的兵力规模变得只有600多人左右，比原来一将一千多两千人的规模就小得多了。
交给罗齐两人的武锐军经过补充，员额达到了5000人，改制后军和将之间的人数跨度太大，不得已，两人又在中间塞了一个团的编制，每团辖三个将，军辖两个团和一个骑兵将，一个炮兵将和一个辎重将。这才把指挥层级安排好。
编制问题解决了，便是兵器配置了，重点就是火炮怎样编制的问题了。
因为齐硕搞的两种步军炮都是队属火炮性质，两人计划把虎蹲炮和掷雷炮下放编制到将一级当中，每将编有三个步兵部和一个炮兵部。至于掷弹兵部队，也按部级单位进行编组，每将当中的三个步兵连，两个为普通步兵连，一个是掷弹步兵连。
到了战场上，两个普通步兵连负责列阵作战，掷弹步兵连则承担战场救火队的角色，随时增援两个连。而将里的另一个炮兵部，则作为机动的火力支援部队，在不遂行将里的作战任务时，随时都有可能被抽调出去，组成新的火力突击集群。